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15.

엔젤투자 세제혜택의 적용 요건: 소득공제 구간별 공제율과 양도차익 비과세의 적용 범위

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엔젤투자 세제혜택의 적용 요건: 소득공제 구간별 공제율과 양도차익 비과세의 적용 범위
엔젤투자 세제혜택의 적용 요건: 소득공제 구간별 공제율과 양도차익 비과세의 적용 범위


<핵심 요약>

엔젤투자에 대한 소득공제는 조세특례제한법 제16조에 근거하되 타인의 출자지분이나 투자지분, 수익증권을 양수하는 방법으로 출자하거나 투자한 경우는 제외되며, 벤처기업 등에 대한 직접투자와 개인투자조합을 거친 투자가 대상이고 투자금액 구간에 따라 공제율이 달라진다. 공제 한도는 해당 과세연도 종합소득금액의 일정 비율이고, 3년 이상 보유해야 하며 그 기간에 미치지 못하면 원칙적으로 공제받은 세액이 추징된다. 개인투자조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득한 대통령령상 주식의 양도차익에는 조세특례제한법 제14조의 비과세가 적용될 수 있어, 넣을 때 공제받고 나올 때 비과세받는 구조가 만들어진다.

 

자세한 기본 법리는 아래 위키를 참고하십시오.

1. 위험을 감수한 투자에 국가가 붙이는 보상

 

엔젤투자는 회수까지 오래 걸리고 실패 확률도 높다. 그런 위험을 감수하는 자금이 초기기업으로 흘러가도록 하기 위해 세법은 별도의 혜택을 두고 있다.

 

혜택은 두 갈래다. 투자한 해에 소득에서 빼 주는 소득공제와, 나중에 주식을 팔아 이익이 났을 때 그 이익에 과세하지 않는 비과세다.

 

두 혜택은 요건과 근거 조문이 다르고, 투자 경로에 따라 적용 여부가 갈린다. 계약 구조를 먼저 확정한 뒤에 세제를 확인하면 되돌리기 어려우므로 함께 보아야 한다.

 

2. 두 혜택의 근거와 요건

 

  • 가. 소득공제는 조세특례제한법 제16조에 근거한다

    이 조항은 거주자가 벤처기업 등에 투자하는 경우 그 투자금액에 대하여 종합소득금액에서 공제하도록 정한다. 대상에는 벤처기업 등에 대한 직접투자와 개인투자조합을 통한 투자가 포함되지만, 같은 항 단서는 타인의 출자지분이나 투자지분, 수익증권을 양수하는 방법으로 투자한 경우를 공제 대상에서 뺀다.

 

  • 나. 공제율은 투자금액 구간에 따라 다르다

    실무에서 정리되는 구간표에 따르면 3천만원 이하분에는 100퍼센트, 3천만원을 넘어 5천만원까지의 부분에는 70퍼센트, 5천만원을 넘는 부분에는 30퍼센트의 공제율이 적용된다. 구간별로 나누어 적용하는 구조이므로 투자 금액을 나누어 판단해야 한다.

 

  • 다. 한도와 보유 기간이 함께 걸려 있다

    공제 한도는 해당 과세연도 종합소득금액의 일정 비율로 정해지며, 실무에서는 그 비율이 50퍼센트로 정리된다. 투자한 주식은 3년 이상 보유해야 하고, 그 기간에 미치지 못하면 공제받은 세액이 추징된다.

 

  • 라. 양도차익 비과세는 조세특례제한법 제14조에 근거한다

    개인투자조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분의 양도차익에 비과세가 적용될 수 있다. 이 특례는 2028년 12월 31일까지 취득하는 주식 또는 출자지분에만 적용된다. 직접투자와 조합 경유 투자에서 적용 범위가 달라지는 부분이므로 경로를 정할 때 함께 보아야 한다.
     

3. 실제로 혜택을 받기까지의 절차와 판단 기준

 

  • 가. 투자확인서를 받아야 신고에 반영된다

    공제는 자동으로 되지 않는다. 투자확인서를 발급받아 연말정산이나 종합소득세 신고에 반영하는 절차가 필요하다. 납입으로 끝내지 말고 확인서를 챙겨 두어야 신고에 반영할 수 있다. 다만 출자일이 속하는 과세연도부터 출자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 한 해를 골라 공제시기 변경을 신청할 수 있으므로, 그 범위에 드는지를 확인한다.

 

  • 나. 보유 기간을 계약 구조와 함께 계산한다

    3년 이상 보유해야 하는데, 회수 조항이 그보다 이른 시점에 작동할 수 있다면 추징을 감수하게 된다. 상환권이나 풋옵션의 행사 시점, 후속 라운드의 구주 매각 요구가 이 기간과 겹치는지를 미리 계산해 두어야 한다.

 

  • 다. 투자 경로가 요건에 맞는지 확인한다

    개인투자조합을 통한 투자로 조세특례제한법 제16조의 소득공제를 받으려면 그 조와 하위법령이 정한 요건을 충족해야 한다. 구체적인 조합·투자 요건은 투자 전에 확인해야 한다.

 

  • 라. 수단에 따라 요건이 달라질 수 있다

    지분형으로 투자하는지 사채형이나 조건부지분인수계약으로 투자하는지에 따라 공제 요건과의 관계가 달라질 수 있다. 수단을 정하는 단계에서 세제 요건을 함께 확인하는 것이 순서다.

 

  • Q: 3천만원까지 전액을 공제받는다는 말이 맞는가?

    구간표에 따르면 3천만원 이하분에 100퍼센트의 공제율이 적용된다. 다만 공제 한도가 종합소득금액에 걸려 있고 보유 기간 요건이 함께 붙으므로, 실제 공제액은 개인의 소득과 보유 계획에 따라 달라진다.

 

  • Q: 직접투자와 조합 경유 중 어느 쪽이 세제에서 유리한가?

    일률적으로 말하기 어렵다. 두 제도가 요구하는 취득 형태와 기업 요건이 다르므로 경로만으로 갈리지 않는다. 이 비과세는 벤처기업에 출자해 취득한 대통령령상 주식 또는 출자지분을 대상으로 한다. 개인투자조합을 통한 출자도 포함되지만, 타인의 주식 등을 매입해 취득한 경우는 제외된다. 투자 금액과 회수 계획을 함께 놓고 판단해야 한다.

 

  • Q: 3년을 채우지 못하면 어떻게 되는가?

    공제받은 세액이 추징된다. 다만 출자자나 투자자의 사망처럼 조세특례제한법 제16조 제2항 단서가 정한 사유에 따른 경우에는 추징하지 않는다. 회수 조항이 3년 이내에 작동할 가능성이 있다면 그 경우의 세 부담까지 계산에 넣어야 한다.

 

  • Q: 세부 요건은 어디서 확인하는가?

    조세특례제한법 제16조와 제14조의 문언을 먼저 보고, 적용기한과 요건이 개정되었는지 확인해야 한다. 개인의 소득 구조에 따라 결과가 달라지므로 투자 전에 개별적으로 확인하는 것이 안전하다.
     

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4. 관련 법규

조세특례제한법 제16조 (벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제)

 

① 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 출자 또는 투자를 하는 경우에는 2028년 12월 31일까지 출자 또는 투자한 금액의 100분의 10(제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 해당하는 출자 또는 투자의 경우에는 출자 또는 투자한 금액 중 3천만원 이하분은 100분의 100, 3천만원 초과분부터 5천만원 이하분까지는 100분의 70, 5천만원 초과분은 100분의 30)에 상당하는 금액(해당 과세연도의 종합소득금액의 100분의 50을 한도로 한다)을 그 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도(제3항의 경우에는 제1항제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하게 된 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 종합소득금액에서 공제(거주자가 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 1과세연도를 선택하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제시기 변경을 신청하는 경우에는 신청한 과세연도의 종합소득금액에서 공제)한다. 다만, 타인의 출자지분이나 투자지분 또는 수익증권을 양수하는 방법으로 출자하거나 투자하는 경우에는 그러하지 아니하다.

<개정 2010. 1. 1., 2010. 12. 27., 2011. 12. 31., 2013. 1. 1., 2014. 1. 1., 2014. 12. 23., 2015. 1. 28., 2016. 12. 20., 2017. 12. 19., 2019. 12. 31., 2020. 2. 11., 2020. 12. 29., 2021. 12. 28., 2022. 12. 31., 2023. 12. 31., 2024. 1. 9., 2025. 12. 23 .>

1. 벤처투자조합, 민간재간접벤처투자조합, 신기술사업투자조합 또는 전문투자조합에 출자하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 벤처기업투자신탁(이하 이 조에서 “벤처기업투자신탁”이라 한다)의 수익증권에 투자하는 경우

3. 개인투자조합에 출자한 금액을 벤처기업 또는 이에 준하는 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업(이하 이 조 및 제16조의5에서 “벤처기업등”이라 한다)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 투자하는 경우

4. 「벤처기업육성에 관한 특별법」에 따라 벤처기업등에 투자하는 경우

5. 창업ㆍ벤처전문사모집합투자기구에 투자하는 경우

6. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제117조의10에 따라 온라인소액투자중개의 방법으로 모집하는 창업 후 7년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업의 지분증권에 투자하는 경우

 

② 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득공제를 적용받은 거주자가 출자일 또는 투자일부터 3년이 지나기 전에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 그 거주자의 주소지 관할 세무서장, 원천징수의무자 또는 벤처기업투자신탁을 취급하는 금융기관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 거주자가 이미 공제받은 소득금액에 해당하는 세액을 추징한다. 다만, 출자자 또는 투자자의 사망이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

<개정 2010. 1. 1., 2011. 12. 31., 2016. 12. 20., 2018. 12. 24 .>

1. 제1항제1호 및 제5호에 따른 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우

2. 제1항제2호에 규정된 벤처기업투자신탁의 수익증권을 양도하거나 환매(還買, 일부환매를 포함한다)하는 경우

3. 제1항제3호, 제4호 및 제6호에 규정된 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우

 

③ 제1항에 따른 소득공제는 투자 당시에는 같은 항 제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하지 아니하였으나, 투자일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 같은 항 제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하게 된 경우에도 적용한다.

<신설 2017. 12. 19 .>

 

④ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 공제액의 한도와 계산, 소득공제의 신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

<개정 2010. 1. 1 .>

[제목개정 2010. 1. 1., 2020. 2. 11.]

 

조세특례제한법 제14조 (창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례)

 

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3 및 제3호부터 제6호까지의 규정에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도로 발생하는 소득은 「소득세법」 제94조제1항제3호에 따른 양도소득에 포함하지 아니한다. 다만, 제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3ㆍ제3호부터 제6호까지 및 제8호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

<개정 1999. 12. 28., 2000. 12. 29., 2001. 12. 29., 2005. 7. 13., 2005. 12. 31., 2006. 12. 30., 2007. 12. 31., 2010. 1. 1., 2011. 12. 31., 2015. 1. 28., 2016. 3. 29., 2016. 12. 20., 2019. 12. 31., 2020. 2. 11., 2020. 12. 29., 2021. 12. 28., 2023. 6. 20., 2023. 12. 31., 2024. 12. 31 .>

1. 벤처투자회사 또는 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2. 벤처투자조합이 창업기업, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2의2. 민간재간접벤처투자조합이 창업기업, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2의3. 농식품투자조합이 창업기업, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

3. 신기술사업투자조합이 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(개인투자조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

5. 창업기획자에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

6. 전문투자조합이 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

7. 「증권거래세법」 제3조제1호나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식(「소득세법」 제104조제1항제11호가목의 대주주가 아닌 자가 양도하는 것으로 한정한다)

8. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제117조의10에 따라 온라인소액투자중개의 방법으로 모집하는 창업 후 3년 이내의 기술우수중소기업 등 대통령령으로 정하는 기업에 출자함으로써 취득한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

 

② 벤처투자조합이 벤처투자목적회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득 중 다음 각 호의 소득금액에서 발생하는 배당소득은 「소득세법」 제17조에 따른 배당소득에 포함하지 아니한다.

<신설 2025. 12. 23 .>

1. 벤처투자목적회사가 제13조제2항제1호부터 제4호까지의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업기업, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분의 양도로 발생한 소득금액

2. 벤처투자목적회사가 취득한 내국법인이 발행한 채권의 양도로 발생한 소득금액

 

③ 삭제

<2003. 12. 30 .>

 

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득에 대해서는 해당 조합이 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세를 원천징수한다. 다만, 그 조합원이 민간재간접벤처투자조합인 경우에는 민간재간접벤처투자조합이 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세를 원천징수한다.

<개정 2010. 1. 1., 2011. 12. 31., 2015. 1. 28., 2019. 12. 31., 2020. 2. 11., 2021. 12. 28., 2023. 12. 31., 2025. 12. 23 .>

1. 벤처투자조합이 창업기업, 벤처기업, 신기술창업전문회사 또는 벤처투자목적회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득.  다만, 벤처투자목적회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득 중 제2항에 따라 「소득세법」 제17조에 따른 배당소득에 포함하지 아니하는 소득은 제외한다.

1의2. 민간재간접벤처투자조합이 창업기업, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득

1의3. 농식품투자조합이 창업기업, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득

2. 신기술사업투자조합이 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득

3. 「산업발전법」(법률 제9584호 산업발전법 전부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제15조에 따라 등록된 기업구조조정조합이 같은 법 제14조제4항에 따른 구조조정대상기업에 출자하여 얻는 배당소득

4. 전문투자조합이 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득

 

⑤ 벤처투자조합, 민간재간접벤처투자조합, 농식품투자조합, 신기술사업투자조합, 기업구조조정조합 또는 전문투자조합에 귀속되는 소득으로서 「소득세법」 제16조제1항 각 호 및 제17조제1항제5호의 소득에 대해서는 「소득세법」과 「법인세법」에도 불구하고 해당 조합이 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세 또는 법인세를 원천징수한다. 다만, 그 조합원이 민간재간접벤처투자조합인 경우에는 민간재간접벤처투자조합이 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세 또는 법인세를 원천징수한다.

<개정 2010. 1. 1., 2011. 12. 31., 2015. 1. 28., 2019. 12. 31., 2020. 2. 11., 2021. 12. 28., 2023. 12. 31., 2024. 12. 31 .>

 

⑥ 제4항 및 제5항에 따른 소득의 경우에는 「소득세법」 제16조제2항 및 제17조제3항 각 호 외의 부분 본문에도 불구하고 총수입금액에서 해당 조합이 지출한 비용(그 총수입금액에 대응되는 것으로 한정한다)을 뺀 금액을 이자소득금액 또는 배당소득금액으로 한다.

<개정 2010. 1. 1., 2021. 12. 28., 2024. 12. 31 .>

 

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정은 2028년 12월 31일까지 발생하는 소득에 대해서만 적용한다.

<개정 2010. 1. 1., 2013. 1. 1., 2014. 12. 23., 2017. 12. 19., 2020. 12. 29., 2022. 12. 31., 2025. 12. 23 .>

 

⑧ 제1항제1호는 2009년 12월 31일까지 취득하는 주식 또는 출자지분에 대해서만 적용하고, 제1항제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3, 같은 항 제3호부터 제8호까지 및 제2항제1호는 2028년 12월 31일까지 취득하는 주식 또는 출자지분에 대해서만 적용한다.

<개정 2010. 1. 1., 2011. 12. 31., 2013. 1. 1., 2014. 12. 23., 2016. 12. 20., 2017. 12. 19., 2019. 12. 31., 2020. 12. 29., 2022. 12. 31., 2023. 12. 31., 2025. 12. 23 .>

[제목개정 2010. 1. 1., 2021. 12. 28.]

최근 작성일시: 2026년 8월 31일
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