원고 소송대리인의 상고이유에 대하여 판단한다.
1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은, 원고는 휴양콘도미니엄업, 관광숙박업, 부동산매매 및 임대업 등을 목적으로 설립된 회사로서 1989.9.1.부터 1990.6.19.까지 사이에 이 사건 각 토지를 취득한 사실, 피고는 1992.7.20. 원고가 이 사건 각 토지를 취득한 날로부터 1년 이내에 이 사건 각 토지를 원고 회사의 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 이를 비업무용토지로 보아 지방세법 제112조 제2항 소정의 세율을 적용하여 이 사건 취득세부과처분 사실을 인정한 다음, 원고가 이 사건 각 토지를 취득한 것은 그 지상에 콘도미니엄을 신축 분양하여, 건물과 함께 토지 지분을 판매하기 위한 것이므로 원고는 콘도미니엄 분양으로 인한 부동산매매를 목적으로 이 사건 각 토지를 취득한 것이라 할 것이고 따라서 위 취득 당시에 시행되고 있던 구 지방세법시행령(1990.6.29. 대통령령 제13033호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제1항에 의하여 3년간의 유예기간이 적용되어야 하는데 이 사건 부과처분 당시에는 아직도 그 유예기간이 경과하지 아니하였으므로 피고의 이 사건 취득세부과처분은 위법하다는 원고의 주장에 대하여, 이 사건 취득세부과처분의 적법여부는 부과일인 1992.7.20.을 기준으로 판단하여야 할 것인데 그 당시는 매매 목적으로 취득한 토지에 대한 유예기간을 3년으로 규정한 위 조항이 삭제된 이후이고 위 삭제된 규정을 소급하여 적용할 아무런 근거가 없다는 이유로 원고의 위 주장을 배척하였다.
2. 그러나, 세법의 개정이 있을 경우에는 개정 전후의 법 중에서 납세의무가 성립될 당시의 세법을 적용하여야 함은 법률불소급의 원칙상 당연하다 할 것이나, 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하고 있는 경우에는 마땅히 구법이 적용되어야 할 것이다(당원 1985.4.9.선고 83누453 판결 참조). 그런데 구 지방세법시행령(1990.6.29. 대통령령 제13033호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제1항은 법 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(내무부장관이 상공부장관과 협의하여 정하는 공장용 부지는 2년, 매매용 토지는 3년)이내에 정당한 사유 없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다고 규정하고 있었으나 개정된 지방세법시행령(1990.6.29. 대통령령 제13033호로 개정된 것) 제84조의4 제1항은 위 “매매용 토지는 3년“ 부분을 삭제함으로써 납세의무자에게 불리하게 개정되었고, 그 부칙 제1조는 위 제84조의4 제1항의 개정규정은 공포한 날(1990.6.29.)부터 시행한다고 규정하고 있으며, 한편 그 부칙 제3조는 “이 영 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과하였거나, 부과하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 의한다“고 규정하고 있다. 위 각 규정의 취지에 비추어 보면, 위 부칙 제1조는 납세의무가 성립될 당시의 세법이 적용되어야 한다는 일반원칙에 서서 그 적용시기를 규정하고 있다고 보아야 하고 위 부칙 제3조는 이와 같은 법률불소급원칙에 대한 예외로서 납세의무자에게 불리하게 세법이 개정된 경우에는 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 예외적으로 납세의무자에게 유리한 종전의 법률을 적용한다는 특별규정이라고 보아야 할 것이다. 그럼에도 불구하고 원심은 그 판시와 같은 이유로 원고의 위 주장을 배척하였으니 원심판결에는 위 개정된 지방세법시행령 부칙 제3조에 관한 법리를 오해한 위법이 있다고 할 것이고, 이와 같은 위법은 판결에 영향을 미친 것이라고 할 것이므로 이 점을 지적하는 논지는 이유가 있다.
3. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략하고 원심판결을 파기하여 사건을 원심법원에 환송하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.