서울행정법원 2026. 7. 15. 2025구합55936

부동산등 보유비율이 80% 이상인 법인(순자산가치평가법인)에 해당하는지 여부를 판단할 때, 분모인 ‘법인의 자산총액’은 상증세법상 평가액이 아닌 장부가액으로 평가함

주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2024. 6. 10. 원고에 대하여 부과한 상속세 4,000,000,000원 중 1,000,000,000원을 초과하는 부분을 취소한다.

이유

가. 망 신AA(이하 ‘피상속인’이라 한다)의 2022. 10. 1. 사망으로 피상속인의 배우자 경BB와 자녀 신CC, 신DD, 원고, 신EE, 신FF 등이 피상속인을 공동상속하였다. 원고는 피상속인이 상속개시일 당시 보유하고 있던 주식회사 HH(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다) 발행주식 총 10,000주 중 5,939주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 상속하였다.

나. 원고는 이 사건 법인의 부동산 보유비율이 74.52%라는 전제 하에 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 한다) 제60조 제3항, 제63조 제1항 제1호 나목, 구 상속세 및 증여세법 시행령(2026. 2. 27. 대통령령 제36131호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제54조 제1항 본문에서 정한 부동산과다보유법인이라고 보고, 구 상증세법 시행령 제54조 제1항 단서에 따라 1주당 순손익가치와 순자산가치를 각각 2:3으로 가중평균한 가액과 1주당 순자산가치에 80%를 곱한 금액을 비교하여, 그 중 더 큰 금액으로 1주당 순자산가치에 80%를 곱한 금액인 1주당 3,000,000원으로 평가하여, 2023. 4. 27. 피고에게 상속세 28,000,000,000원을 신고하였다.

다. ○○지방국세청장은 2024. 1. 15.부터 2024. 4. 13.까지 피상속인의 상속에 따른 상속세 세무조사를 실시하여 이 사건 법인의 부동산 보유비율이 88.14%라는 전제 하에 이 사건 주식이 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제3호가 정한 ‘법인의 자산총액 중「소득세법」제94조 제1항 제4호 다목 1) 및 2)의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등(이하 ’이 사건 쟁점조항‘이라 한다)’에 해당한다고 보아, 같은 조 제2항 순자산가치에 따라 이 사건 주식의 상속개시일 당시 시가를 1주당 4,000,000원으로 평가하는 내용의 세무조사 결과를 피고에게 통보하였다.

라. 피고는 이에 따라 2024. 6. 10. 이 사건 주식의 증가된 평가액 및 급여 현금수령분 추정상속재산가액 등을 반영하여, 원고에게 피상속인의 사망에 따른 상속세 4,000,000,000원(가산세 포함)을 결정·고지하였다(위 부과처분 중 이 사건 주식의 평가액과 관련된 부분에 국한하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 2024. 9. 10. 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2025. 8. 5. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

가. 원고의 주장

피고는 이 사건 법인이 이 사건 쟁점조항이 정한 경우에 해당하는지 여부를 판단함에 ‘법인의 자산총액’을 장부가액으로 평가하여 이 사건 처분에 이르렀는바, 이러한 평가는 위 쟁점조항이 ‘부동산의 종류 및 평가액’에 관해서만 소득세법이 정한 바에 의하도록 하고 있을 뿐인데도 법률상 근거 없이 상증세법이 정한 시가주의에 위반하여 이루어진 것으로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장·축소해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측 가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결, 대법원 2025. 2. 27. 선고 2023두37544 판결 등 참조).

다. 판단

앞서 든 증거, 을 제1 내지 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 쟁점조항의 ‘법인의 자산총액’은 장부가액으로 평가함이 상당하므로, 이와 같은 평가방법을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

1) 구 상증세법 시행령 제54조 제1항 본문의 ‘부동산과다보유법인’에 관한 규정 및 이 사건 쟁점조항 부분의 체계와 그 개정 경과는 다음과 같다.

가) 구 상증세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28638호로 개정되기 전의 것) 제54조 제1항 본문은 비상장주식의 평가에 있어 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 적용하는 ‘부동산과다보유법인’을 ‘소득세법 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인’으로 규정하고 있고, 같은 조 제4항 제4호는 비상장주식의 평가에 있어 순자산가치를 적용하는 경우 중 하나로서 ‘소득세법 제94조 제1항 제4호 라목에 해당하는 법인’을 규정하고 있었다(이하 ‘순자산가치평가법인’이라 한다).

나) 부동산과다보유법인 및 순자산가치평가법인에 관한 위 각 규정이 준용하던 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제94조 제1항 제4호는 다목에서 ‘법인의 자산총액 중 부동산등과 해당 법인이 보유한 다른 법인의 주식가액에 그 다른 법인의 부동산등 보유비율을 곱하여 산출한 가액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인’을 규정하는 한편, 라목에서 ‘대통령령으로 정하는 사업을 하는 법인으로서 자산총액 중 부동산등과 해당 법인이 보유한 다른 법인의 주식가액에 그 다른 법인의 부동산등 보유비율을 곱하여 산출한 가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인’을 규정하고 있었다. 위 각 규정을 종합하면, ① ‘부동산과다법인’이란 ‘법인의 자산총액 중 직·간접으로 보유한 부동산등의 가액 비율이 100분의 50 이상인 경우’이고, ② ‘순자산가치평가법인’이란 ‘일정 업종¹⁾의 사업을 하는 법인으로 자산총액 중 직·간접으로 보유한 부동산등의 가액 비율이 100분의 80 이상인 경우’라고 규정할 수 있었다. 한편 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제158조 제3항 본문은 ‘법 제94조 제1항 제4호 다목 및 라목과 제1항 및 제2항의 자산총액은 해당 법인의 장부가액에 따른다’고 정한바(위와 같은 취지는 현행 소득세법 시행령에서도 일부 문언과 조문 위치만 변경되어 그대로 유지되고 있다), 결국 부동산과다법인 및 순자산가치평가법인의 판별기준이 되는 자산총액 중 직·간접으로 보유한 부동산등의 가액 비율(이하 ‘판별기준 비율’이라 한다)의 산정에 있어 분모에 산입되는 자산총액은 장부가액에 의하여 평가하도록 규정되어 있었던 것이다.

다) 상증세법 시행령은 2018. 2. 13. 대통령령 제28638호 개정(이하 ‘이 사건 시행령 개정’이라 한다)으로 이 사건 쟁점조항과 같이 순자산가치평가법인을 ‘법인의 자산총액 중 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목 1) 및 2)의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인’이라고 정함으로써 종전의 순자산가치평가법인의 개념요소 중 ① 업종제한 부분이 삭제되고, ② 판별기준 비율을 이 사건 쟁점조항에서 직접 규정하는 방식으로 변경되었다. 반면 위 개정에도 불구하고 같은 조 제1항 본문이 정하는 부동산보유과다법인에 관한 규정은 종전과 동일하게 유지되었다.

2) 이 사건 시행령 개정의 주된 취지는 개정 전후 법문의 체계적 해석에서 분명히 드러나는 바와 같이 종전의 ‘소득세법 제94조 제1항 제4호 라목’을 준용함에 따른 업종제한을 폐지함으로써 순자산가치평가법인의 대상 범위를 확대하는 데 있는 것으로 보이고, 실제 위 개정 무렵 기획재정부나 국세청 등 정부의 법령 해설자료에서도 이같은 취지가 명시적으로 드러나고 있다.

3) 그러나 이 사건 시행령의 개정이 순자산가치평가법인의 범위를 규정함에 있어 종전의 업종제한을 폐지하는 데에서 더 나아가, 판별기준 비율을 산정하는 종전의 평가방법 자체를 변경하여 장부가액 기준에서 상증세법이 정하는 시가 기준으로 변경하고자 하는 취지까지 포함되어 있다고 해석할 입법 자료는 찾아볼 수 없다. 오히려 앞서 본 이 사건 쟁점조항 및 관련 규정들의 문언과 이 사건 시행령 개정의 취지 등에 비추어 보면, 순자산가치평가법인의 개념요소에서 종전의 업종제한을 폐지함에 따른 입법기술상 난점, 즉 종전과 같이 ‘소득세법 제94조 제1항 제4호 라목’은 물론 ‘소득세법 제94조 제1항 제4호 다목’을 그대로 준용하는 것이 더 이상 적절하지 않게 된 상황에서(전자의 경우는 업종제한 여부에 있어, 후자의 경우는 부동산등 비율 여하에 있어 순자산가치평가법인과 각각 상이하다), 판별기준 비율을 구성하는 분자에 산입될 항목만을 ‘소득세법 제94조 제1항 제4호 다목’으로부터 준용하고, 다만 비교적 간명하게 기술이 가능할 뿐 아니라 이 사건 시행령 개정 전부터 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제5호가 이미 취하고 있기도 한 규정 방식인 ‘법인의 자산총액 중…차지하는 비율이 100분의 80 이상’이라는 법문을 직접 규정하였을 뿐으로 보인다.

4) 이 같은 해석은 이 사건 쟁점조항의 일반적인 논리칙과 산술적 기본개념에도 부합한다고 보인다. 이 사건 쟁점조항은 법인의 자산총액 중 ‘소득세법 제94조 제1항 제4호 다목’의 1) 및 2), 즉 법인이 직·간접으로 보유하는 부동산등의 가액이 차지하는 ‘비율’을 전제로 하는 것이고, 그중 분자로 산입되는 항목인 ‘부동산등의 가액’을 산정함에 있어 이 사건 시행령 개정 전후를 불문하고 장부가액으로 평가하는 과세실무가 정착되어 있는 것으로 보이며, 원고 또한 이를 인정하고 있다(소장 제7면 참조). 한편 ‘비율’이란 두 개의 수나 양 사이의 상대적인 관계를 나타내는 것으로, 특히 이 사건 쟁점조항이 정하는 바와 같이 ‘전체(자산총액)’와 이를 구성하는 ‘일부(부동산등 자산)’ 사이의 관계를 나타내는 비율이 산술적으로 의미를 갖기 위하여는 특별한 사정이 없는 한 ‘전체’와 ‘일부’가 동일한 기준과 방법으로 산정되어야 할 것인바, 이와 달리 ‘전체’에 해당하는 자산총액은 시가로 평가하고 ‘일부’에 해당하는 부동산등은 장부가액으로 평가하는 방식으로 그 기준과 방법을 상이하게 적용하여 비율을 산정할 법령상의 근거를 찾아볼 수 없다.

5) 이 사건 쟁점조항 및 그와 관련한 제반 법규정의 체계적 해석에 의하더라도 이 사건 쟁점조항 중 자산총액은 이 사건 시행령 개정 이전과 마찬가지로 장부가액을 기준으로 평가함이 상당하다. 즉, 구 상증세법 시행령 제54조 제1, 2항 및 이 사건 쟁점조항에 따르면, 비상장주식을 평가함에 있어 해당 주식 발행법인의 부동산 자산 보유비율에 따라 다른 평가방법을 취하고 있는바, ① 그 비율이 50% 미만인 경우 원칙에 따라 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 하여 가중평균하고, ② 그 비율이 50% 이상 내지 80% 미만인 경우 주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 각각 2와 3으로 하여 가중평균하며(부동산과다보유법인의 경우), ③ 그 비율이 80% 이상일 경우 1주당 순자산가치만으로 평가하도록 함으로써(순자산가치평가법인), 법인이 가진 두 가지 측면, 즉 손익창출이라는 영업적 측면과 자산을 보유하는 기제라는 측면의 각 실질에 부합하는 평가가 이루어지도록 하고 있다. 부동산과다보유법인의 판별기준 비율 산정에 있어 분모로 산입되는 자산총액이 장부가액에 의하여 평가됨이 법문상 분명함은 앞서 본 바와 같은데, 유독 순자산가치평가법인의 판별기준 비율 산정에 있어서만 분모로 산입되는 자산총액을 달리 평가할 이유는 찾기 어렵다.

6) 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 각 호는 이 사건 쟁점조항이 정하는 순자산가치평가법인 등을 포함하여 1주당 순자산가치만으로 평가해야 하는 경우를 나열하고 있고, 특히 같은 항 제5호는 ‘법인의 자산총액 중 주식등의 가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인’이라고 정하여 ‘법인의 자산총액’이라는 동일한 법문이 사용되고 있는데, 과세실무에서 위 제5호의 적용 시 ‘자산총액’ 및 ‘주식등의 가액’을 시가로 평가하는 것이 일반적으로 받아들여지고 있는 것으로 보인다. 그러나 ① 이 사건 쟁점조항과 위 제5호 규정은 각각 부동산등과 주식등을 지배적으로 보유한 법인을 규율하는 조항으로 그 평가방법을 동일선상에 놓고 볼 수 없는 점, ② 이 사건 쟁점조항은 판별기준 비율의 분자로 산입될 항목은 ‘소득세법 제94조 제1항 제4호 다목’을 준용하고 있는 반면, 위 제5호는 판별기준 비율의 분자로 산입될 항목을 ‘주식등의 가액’으로 직접 규정하고 있어, 위 각 호의 적용에 있어 분자 산입 항목의 평가방법 자체가 상이한 점, ③ 구 상증세법 시행령 제54조 제4항은 각호에서 법인의 청산 등(제1호), 영업 개시 전·직후·휴폐업 등(제2호), 부동산등 과잉 보유(제3호), 주식등 과잉 보유(제5호), 존속기한 임박(제6호) 등 비상장주식을 1주당 순자산가치만으로 평가하여야 할 다양한 경우를 열거하고 있을 뿐 각 사유가 상호간 논리적 연관관계에 있다고 보기는 어렵고, 오히려 ‘자산총액 중 부동산등 보유비중이 높은 법인’의 한 범주로서 순자산가치평가법인에 관하여는 구 상증세법 시행령 제54조 제1항이 정하는 부동산과다보유법인과 동일선상에서 견주어 봄이 타당한 점 등을 고려할 때, 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제5호의 법문 및 그 해석만으로 달리 보기는 어렵다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1)구 소득세법의 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제158조 제7항, 구 소득세법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제731호로 개정되기 전의 것) 제76조 제2항은 골프장업, 스키장업 등을 규정하고 있었다.