서울행정법원 2026. 5. 22. 2025구단53468

단기매매차익을 이 사건 회사에 반환하거나 반환할 것을 확약하였다고 하더라도, 이는 자본시장법상의 간접규제에 따른 것으로서 위 단기매매차익을 양수인에게 반환한 것과 동일시할 수 없으므로, 원고에게 국세기본법 제45조의2 제1항에 정한 경정청구 사유가 인정되어야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없음

사 건 2025구단53468 양도소득세경정거부처분취소

원 고 A**

피 고 BB세무서장

변 론 종 결 2026. 4. 3.

판 결 선 고 2026. 5. 22.

주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2024. 8. *. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

이유

  가. 원고는 코스닥 상장법인인 주식회사 ccc(이하 ‘이 사건 회사’라고 한다)의 대표이사로, 2020. 12. *. 전환사채권의 전환권 행사를 통하여 위 회사 주식 *,***,***주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 *,***,***,***원에 취득하고, 2021. 3. **. 위 주식 전부를 *,***,***,***원에 매도한 후, 2021. 8. **. 위 주식의 양도소득금액을 *,***,***,***원으로 계산하여 2021년 귀속 양도소득세 ***,***,***원을 신고한 다음, 2021. 8. **. 및 2021. 12. **. 2회에 걸쳐 합계 ***,***,***원(가산금 *,***,***원 포함)을 납부하였다.

  나. 금융감독원은 2022. 9. **. 이 사건 회사에게 원고가 이 사건 주식을 취득하고 매도하는 과정에서 *,***,***,***원의 단기매매차익(이하 ‘이 사건 단기매매차익’이라 한다)을 취득한 사실이 있음을 통보하면서 원고에 대하여 위 단기매매차익의 반환을 청구할 것 등을 요구하였다.

  다. 원고는 2022. 10.경 이 사건 회사에게 2023. 4. **.부터 2035. 4. **.까지 13회에 걸쳐 이 사건 단기매매차익을 분할․반환하기로 확약하고, 2023. 4. **. *억 원, 2024. 4. **. *억 원 합계 *억 원을 반환한 다음, 2024. 6. **. 피고에게 위 단기매매차익은 원고에게 실질적․종국적으로 귀속되는 이익이 아니므로 이 사건 주식 양도로 인한 양도소득세는 **,***,***원이라는 등 주장을 하며 이미 납부한 양도소득세 중 위 금액을 넘는 ***,***,***원(= ***,***,***원 - ***,***,***원)의 환급을 구하는 양도소득세 경정청구를 하였다.

  라. 피고는 2024. 8. *. 원고에게 ‘원고가 주식을 양도하고 양수자로부터 그 대가로 받은 매매가액이 양도가액이 되는 것이고, 차후에 그 차익을 주식 발행 법인에 반환하더라도 이는 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ’자본시장법‘이라 한다)상의 간접규제에 따른 것으로서 단기매매차익을 양도가액에서 공제할 수 없다’라는 이유로, 위 경정청구 거부처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

  별지 기재와 같다.

  가. 원고의 주장

     상장법인인 이 사건 회사의 내부자인 원고는 6개월 이내의 단기간에 주식을 양도하여 차익이 발생하더라도 자본시장법 규정에 따라 그 차익을 위 회사에게 전부 반환할 법적 의무를 지는바, 이 사건 단기매매차익은 실질적․종국적으로 위 회사에게 귀속되어 원고가 이를 향유하고 있다고 할 수 없고, 원고가 현재까지 위 회사에게 위 단기매매차익 중 *억 원을 반환함으로써 위 단기매매차익에 내재되어 있던 경제적 이익의 상실 가능성이 현실화되기도 하였다.

     따라서 이 사건 단기매매차익은 애초부터 양도소득 과세표준에 포함되지 아니하여 이를 양도소득세 과세대상으로 삼는 것은 실질과세의 원칙에 반한다 할 것이므로, 국세기본법 제45조의2 제1항에 정한 경정청구 사유가 있다 할 것이고, 위 단기매매차익 중 실제로 반환된 위 *억 원 부분에 대하여는 뇌물 등 위법소득을 얻었다가 이후 몰수나 추징과 같은 후발적 사유가 발생한 경우 등과 마찬가지로 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호에 정한 후발적 경정청구 사유도 발생하였다 할 것이므로, 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

  나. 판단

     1) 국세기본법 제45조의2 제1항에 따른 경정청구 사유 인정 여부

       가) 소득세법 제95조 제1항은 자산의 양도로 인하여 발생하는 총수입금액을 양도가액으로 규정하고 있는데, 여기서 ‘총수입금액’이란 당해 자산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니라 구체적인 거래에 있어서 양도인이 당해 자산을 양도하는 대가로 취득하는 모든 수입을 뜻한다고 할 것이고, 그 대가에 해당하는가 여부는 실질과세의 원칙상 그 명목 여하에 관계없이 경제적 실질이 당해 자산의 양도와 대가관계에 있는지에 의하여 판단하여야 할 것이다(대법원 1992. 7. 14. 선고 92누2967 판결 참조).

          한편, 자본시장법 제172조 제1항에서 정한 단기매매차익 반환제도는 주권상장법인의 내부자가 6개월 이내의 단기간에 그 법인의 주식 등을 사고파는 경우 미공개 내부정보를 이용하였을 개연성이 크다는 점에서 거래 자체는 허용하되 그 대신 내부자가 실제로 미공개 내부정보를 이용하였는지 여부나 내부자에게 미공개 내부정보를 이용하여 이득을 취하려는 의사가 있었는지 여부를 묻지 않고 내부자로 하여금 그 거래로 얻은 이익을 법인에 반환하도록 하는 엄격한 책임을 인정함으로써 내부자가 미공개 내부정보를 이용하여 법인의 주식 등을 거래하는 행위를 간접적으로 규제하려는 제도이다(대법원 2024. 5. 9. 선고 2020다202616 판결 참조).

       나) 돌이켜 위 법리들에 비추어 이 사건에 대하여 보면, 원고가 이 사건 주식을 양도하고 양수자로부터 그 대가로 취득한 수입인 매매가액 전부가 양도가액이 되는 것이고, 사후에 원고가 위 양도로 얻은 이 사건 단기매매차익을 이 사건 회사에 반환하거나 반환할 것을 확약하였다고 하더라도, 이는 자본시장법상의 간접규제에 따른 것으로서 위 단기매매차익을 양수인에게 반환한 것과 동일시할 수 없으므로, 실질과세의 원칙상 위 단기매매차익을 위 주식의 양도가액에서 제외하여 양도소득 과세표준을 계산할 수는 없다 할 것인바, 원고에게 국세기본법 제45조의2 제1항에 정한 경정청구 사유가 인정되어야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

     2) 국세기본법 제45조의2 제2항에 따른 후발적 경정청구 사유 인정 여부

       가) 수뢰․알선수재․배임수재 범행으로 얻은 뇌물 등 위법소득에 대하여 일단 납세의무가 성립하였다고 하더라도 그 후 위 뇌물 등에 대하여 몰수․추징을 당하였다면, 위법소득에 내재되어 있던 경제적 이익의 상실 가능성이 현실화되어 그 소득이 종국적으로 실현되지 않은 것으로 평가할 수 있으므로, 납세자는 그 몰수․추징을 사유로 후발적 경정청구를 하여 납세의무의 부담에서 벗어날 수 있고(대법원 2015. 7. 16. 선고 2014두5514 전원합의체 판결, 대법원 2015. 7. 23. 선고 2012두8885 판결 참조), 원고가 2023. 4. **.부터 2025. 4. *.까지 *회에 걸쳐 이 사건 회사에게 이 사건 단기매매차익 중 *억 원을 반환하였음은 당사자 사이에 다툼이 없다.

       나) 그러나 뇌물 등은 필요적 몰수․추징의 대상으로서 수뢰자 등이 뇌물 등을 수수할 때부터 이미 그 소득에는 경제적 이익의 상실 가능성이 내재되어 있음이 분명한 반면, 자본시장법 제172조에 정한 단기매매차익은 원칙적으로 국가에 의한 몰수․추징의 대상이 되지 않는 점, 위 규정이 단기매매차익을 얻은 임원이 속한 주권상장법인의 임원에 대한 단기매매차익 반환청구권(제1항), 주주의 위 법인에 대한 단기매매차익 반환청구 요구권 및 대위청구권(제2항), 증권선물위원회의 위 법인에 대한 단기매매차익 발생 사실 통보 및 위 법인의 통보 내용 공시 의무(제3항)를 정하고는 있으나, 위 법인이나 그 주주가 위 반환청구권을 행사 또는 대위행사하지 않는 경우나 위 법인이 위 공시를 불이행한 경우에 대한 별다른 제재는 없는 점, 이에 따라 단기매매차익의 반환 여부 또는 반환을 위한 절차의 진행 여부 등이 단기매매차익을 얻은 임원이나 그가 속한 법인 등 당사자의 의사에 좌우되게 되는 점, 위 규정이 제5항에서 위 반환청구권의 제척기간을 2년으로 정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 단기매매차익에 경제적 이익의 상실 가능성이 내재되어 있다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 후발적 경정청구 사유 관련 주장 역시 받아들일 수 없다.

  다. 소결론

     따라서 이 사건 처분은 적법하다.

  그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

관련 법령

■ 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것)

제92조(양도소득과세표준과 세액의 계산)

① 거주자의 양도소득에 대한 과세표준(이하 “양도소득과세표준”이라 한다)은 종합소득, 퇴직소득 및 금융투자소득에 대한 과세표준과 구분하여 계산한다.

② 양도소득과세표준은 다음 각 호의 순서에 따라 계산한다.

   1. 양도차익 : 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하여 계산

   2. 양도소득금액 : 제1호의 양도차익(이하 “양도차익”이라 한다)에서 제95조에 따른 장기보유 특별공제액을 공제하여 계산

   3. 양도소득과세표준 : 제2호의 양도소득금액에서 제103조에 따른 양도소득 기본공제액을 공제하여 계산

제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

   3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

     가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

        1) 소유주식의 비율· 시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등

2) 1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 자본시장법에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등. 다만, 상법 제360조의2 및 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 교환· 이전 또는 같은 법 제360조의5 및 제360조의22에 따른 주식의 포괄적 교환· 이전에 대한 주식매수청구권 행사로 양도하는 주식등은 제외한다.

제95조(양도소득금액) 

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

제96조(양도가액)

① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

■ 자본시장법

제172조(내부자의 단기매매차익 반환)

① 주권상장법인의 임원(상법 제401조의2 제1항 각 호의 자를 포함한다. 이하 이 장에서 같다), 직원(직무상 제174조 제1항의 미공개중요정보를 알 수 있는 자로서 대통령령으로 정하는 자에 한한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 주요주주가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금융투자상품(이하 “특정증권등”이라 한다)을 매수(권리 행사의 상대방이 되는 경우로서 매수자의 지위를 가지게 되는 특정증권등의 매도를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)한 후 6개월 이내에 매도(권리를 행사할 수 있는 경우로서 매도자의 지위를 가지게 되는 특정증권등의 매수를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하거나 특정증권등을 매도한 후 6개월 이

내에 매수하여 이익을 얻은 경우에는 그 법인은 그 임직원 또는 주요주주에게 그 이익(이하 “단기매매차익”이라 한다)을 그 법인에게 반환할 것을 청구할 수 있다. 이 경우 이익의 산정기준· 반환절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

   1. 그 법인이 발행한 증권(대통령령으로 정하는 증권을 제외한다)

   2. 제1호의 증권과 관련된 증권예탁증권

   3. 그 법인 외의 자가 발행한 것으로서 제1호 또는 제2호의 증권과 교환을 청구할 수 있는 교환사채권

   4. 제1호부터 제3호까지의 증권만을 기초자산으로 하는 금융투자상품

② 해당 법인의 주주(주권 외의 지분증권 또는 증권예탁증권을 소유한 자를 포함한다. 이하 이조에서 같다)는 그 법인으로 하여금 제1항에 따른 단기매매차익을 얻은 자에게 단기매매차익의 반환청구를 하도록 요구할 수 있으며, 그 법인이 그 요구를 받은 날부터 2개월 이내에 그 청구를 하지 아니하는 경우에는 그 주주는 그 법인을 대위하여 그 청구를 할 수 있다.

③ 증권선물위원회는 제1항에 따른 단기매매차익의 발생사실을 알게 된 경우에는 해당 법인에 이를 통보하여야 한다. 이 경우 그 법인은 통보받은 내용을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 인터넷 홈페이지 등을 이용하여 공시하여야 한다.

■ 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것)

제45조의2 (경정 등의 청구)

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의 3제1항에 따른 기한후과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

   1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

   2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

   1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

   2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

   3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

   4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

   5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정 신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

■ 국세기본법 시행령

제25조의2 (후발적 사유)

법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

   2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

   3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

   4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우. 끝.