서울행정법원 2023. 11. 30. 2022구합72007

귀속자가 불분명한 경우에 해당하지 않으므로 대표자 상여처분은 위법함

판결 내용은 붙임과 같습니다.

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사 건 2022구합72007 법인세 부과처분 등 취소청구

원 고 AA 주식회사

피 고 BB세무서장

변 론 종 결 2022. 10. 12.

판 결 선 고 2023. 11. 30.

주 문

1. 피고가 2019. 6. 7. 원고에게 한 2017 사업연도 법인세 80,790,830원(가산세 포함) 부과처분 중 19,066,225원(가산세 포함)을 초과하는 부분, 2017년 제2기 부가가치세 47,294,720원(가산세 포함) 부과처분을 각 취소한다.

2. 피고가 2019. 6. 7. 원고에게 한 소득자를 김OO으로, 소득금액을 51,353,000원으로 하는 소득금액변동통지를 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 1/6은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지

피고가 2019. 6. 7. 원고에게 한 2017 사업연도 법인세 80,790,830원(가산세 포함) 부과처분, 주문 제1항 기재 부가가치세 부과처분, 주문 제2항 기재 소득금액변동통지를 각 취소한다.

이 유

가. 원고는 2000. 11. 7. 설립되어 건설회사 등을 상대로 시스템에어컨 설치공사, 공조장비 설치공사, 기계설비 공사 등의 사업을 영위하는 회사이다.

나. 피고는 2019. 3. 15.부터 2019. 4. 23.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과 아래와 같은 사항을 확인하여 원고의 2017 사업연도 법인세 및 2017년 제2기 부가가치세를 증액경정하고 소득금액변동통지를 할 것임을 통지하였다.

1) 원고는 2017 사업연도에 거래처 임직원들에게 지급한 상품권 구입비 40,100,000원, 결혼 축하선물 구입비 11,253,000원의 합계 51,353,000원을 접대비 한도초과로 손금불산입하고, 기타 사외유출로 소득처분하여 법인세를 신고하였으나, 원고의 상품권 구입 전표나 영수증, 지출결의서 등의 기재만으로는 위와 같은 상품권 및 결혼축하선물이 누구에게 귀속되었는지 알 수 없다. 따라서 위 손금불산입액 51,353,000원은 사외에 유출된 금액의 귀속이 불분명한 경우에 해당하여 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제67조, 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제1호 단서에 따라 원고의 대표자인 김OO에게 귀속된 것으로 보아야 하므로, 그에 따른 소득금액변동통지를 하여야 한다(이하 이 부분과 관련된 쟁점을 ‘쟁점 1’이라 한다).

2) 원고는 유OO이 원고의 해외 영업활동 업무를 수행하였다는 이유로 유OO에게 인건비 72,575,000원을 지급하고 이를 2017 사업연도의 손금에 산입하였으나, 유OO은 2017년 말 기준 원고가 지분 40%를 보유하고 있는 베트남 소재 현지법인인 A법인의 대표이사로서 A법인의 업무를 수행하였을 뿐 원고의 업무를 수행하지 않았으므로, 위 72,575,000원을 손금불산입하여 원고의 2017 사업연도 법인세를 경정해야 한다(이하 이 부분과 관련된 쟁점을 ‘쟁점 2’라 한다).

3) 원고는 2017. 1.부터 2017. 11.까지 원고의 대표이사 김OO의 배우자이자 원고의 비상근감사인 이OO에게 급여 77,916,740원을 지급하고 이를 2017 사업연도의 손금에 산입하였으나, 이OO는 비상근감사로서의 업무를 수행하지 아니하였으므로, 위 77,916,740원을 손금불산입하여 원고의 2017 사업연도 법인세를 경정해야 한다(이하 이 부분과 관련된 쟁점을 ‘쟁점 3’이라 한다).

4) 원고는 2016. 6. 20. OO단지 주택재건축정비사업조합과 사이에 공사기간을 2016. 6. 20.부터 2019. 2. 28.까지로, 공사대금을 7,850,000,000원으로 정하여 주택재건축 현장에 지열․태양광 연료전지를 설치하기로 하는 내용의 신재생에너지공사 도급계약을 체결하였고, 총공사예정비 6,600,626,000원 중 2017년 말까지 발생한 총공사비누적액이 1,408,370,429원이어서 작업진행률이 21.34%라고 보아 그에 따라 산정한 공사수입금액 1,036,985,000원을 2017 사업연도의 익금에 산입하였다. 그러나 위 공사의 총공사예정비는 6,600,626,000원이 아니라 6,079,826,000원이므로, 작업진행률을 21.34%가 아니라 23.16%로 보아야 하고, 그에 따라 재산정한 공사수입금액 143,235,045원을 추가로 익금에 산입하여 원고의 2017 사업연도 법인세를 경정해야 한다(이하 이 부분과 관련된 쟁점을 ‘쟁점 4’라 한다).

5) 원고는 2017. 2.경 주식회사 삼OOOOO(이하 ‘삼OOOOO’라 한다)로부터 베트남 호치민 삼성전자 공장 내 공조기 설치 및 시운전 공사를 공사대금 223,500,000원에 도급받았고, 그 무렵 A법인에게 위 공사를 216,096,206원(미화 191,151달러)에 하도급하였으며, 그에 따라 위 216,096,206원을 외주비로 2017 사업연도의 손금에 산입하였다. 그러나 원고가 223,500,000원에 도급받은 공사를 A법인에 216,096,206원에 하도급한 것은 그 공사원가율이 96.7%(= 216,096,206원/223,500,000원)에 이르러 정상적인 거래의 공사원가율에 비하여 비합리적으로 높으므로, 구 법인세법 제52조 제1항, 제2항의 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 적정 공사원가율인 80%에 따라 계산한 외주비 179,660,180원만을 손금에 산입하여야 하고, 이를 초과한 외주비 36,436,026원은 손금불산입하여 원고의 2017 사업연도 법인세를 경정해야 한다(이하 이 부분과 관련된 쟁점을 ‘쟁점 5’라 한다).

6) 원고는 OO단지에서 실시한 신재생에너지공사 도급계약에 필요한 연료전지를 공급받기 위해서 2016. 12. 15. 주식회사 두OOOO(이하 ‘두OOOO’이라 한다)과 사이에 2018. 12. 31.까지 연료전지를 공급받고 그에 대한 구매대금 3,520,000,000원(부가가치세 별도)을 지급하기로 하는 물품공급 계약을 체결하였고, 위 계약에 따른 선급금 352,000,000원(구매대금의 10%)은 계약 후 12개월 이내에 지급하기로 하였으며, 이에 따라 2017. 12. 5. 두OOOO로부터 공급가액 352,000,000원을 매입세금계산서를 수취하였고, 그에 따른 매입세액을 공제하여 2017년 제2기 부가가치세를 산정하였다. 그러나 원고가 두OOOO에 위 선급금을 지급한 시점은 2017. 12. 5.가 아닌 2017. 12. 29.이므로, 2017. 12. 5. 수취한 위 매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제2호에 따라 그에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하여 2017년 제2기 부가가치세를 경정해야 한다(이하 이 부분과 관련된 쟁점을 ‘쟁점 6’이라 한다).

다. 이에 따라 피고는 2019. 6. 7. 원고에게, 쟁점 1과 같은 이유로 소득자를 김OO으로, 소득금액을 51,353,000원으로 하는 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다)를 하였고, 쟁점 2 내지 5와 같은 이유로 2017 사업연도 법인세 80,790,830원(가산세 포함, 이하 같다)을 경정․고지하였으며(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다), 쟁점 6과 같은 이유로 2017년 제2기 부가가치세 47,294,720원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 하고, 위 각 처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 위와 같은 이 사건 각 처분의 사유와 처분 내용을 정리하면 아래와 같다.

라. 원고는 2019. 8. 19. 감사원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심사청구를 하였으나, 감사원은 2022. 4. 28. 위 심사청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

가. 원고의 주장

1) 쟁점 1과 관련하여, 원고가 2017년 지출한 상품권 및 결혼 축하선물 구입비는 거래처 임직원들을 위하여 지출된 접대비로서 그 귀속자가 분명하므로, ‘사외로 유출된 금액의 귀속이 불분명한 경우’에 해당하지 않아 원고의 대표자에 대한 상여로 소득처분할 수 없다. 따라서 이 사건 소득금액변동통지는 그 과세요건사실이 인정되지 않아 위법하여 취소되어야 한다.

2) 쟁점 2와 관련하여, 유OO은 자신이 대표이사로 재직하고 있는 A법인와는 별도로 원고의 해외영업활동을 수행하였고, 원고는 그에 대한 대가로서 인건비 72,575,000원을 지급한 것이므로, 위 인건비는 손금불산입 대상에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 법인세 부과처분 중 위 인건비를 손금불산입하여 발생한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3) 쟁점 3과 관련하여, 이OO는 원고의 비상임감사로 재직하면서 월 현금출납부, 월 매입채무 지급내역 리스트, 월 도급비 지출내역서 등을 결재하는 등 원고의 회계 및 감사 업무를 수행하였으므로, 이OO에게 지급된 급여 77,916,740원은 손금불산입 대상에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 법인세 부과처분 중 위 인건비를 손금불산입하여 발생한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

4) 쟁점 4와 관련하여, 피고가 주장하는 총공사예정비 6,079,826,000원은 원고가 수행하는 여러 공사활동에 공통적으로 사용된 재료비, 인건비, 보험료, 감가상각비 등의 공사공통원가를 원고의 공사현장별로 배분한 비용을 포함시키지 않는 등 그 산정에 오류가 있으므로, 6,079,826,000원이 아닌 6,600,626,000원을 총공사예정비로 보아야 한다. 그런데도 피고는 총공사예정비가 6,079,826,000원이라는 전제에서 작업진행률을 산정하여 공사수입금액 143,235,045원을 원고의 2017 사업연도 익금에 산입하였으므로, 이 사건 법인세 부과처분 중 위 공사수입금액을 익금산입하여 발생한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

5) 쟁점 5와 관련하여, 구 국제조세조정에 관한 법률(2017. 12. 19. 법률 제15221호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2항은 국제거래의 경우 법인세법상 부당행위계산부인 조항을 적용하지 않도록 규정하고 있다. 그런데 원고가 A법인에게 공사를 하도급한 거래는 외국법인과의 거래로서 국제거래에 해당하므로, 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다. 따라서 이 사건 법인세 부과처분 중 A법인에게 하도급한 공사의 외주비를 재산정하여 36,436,026원을 손금불산입함에 따라 발생한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

6) 쟁점 6과 관련하여, 원고가 두OOOO로부터 발급받은 매입세금계산서는 중간지급조건부 재화의 공급시기에 해당하는 ‘계약금을 받기로 한 때’에 발급된 것이므로 사실과 다른 세금계산서가 아니고, 설령 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 단서 및 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제75조 제2호에서 매입세액이 공제되는 경우로 정한 ‘세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우’에 해당한다. 따라서 위 매입세금계산서에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 하므로, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 쟁점 1에 관한 판단

가) 관련 규정 및 쟁점의 정리

(1) 구 법인세법 제25조 제5항은 “접대비”란 ‘접대비 및 교제비, 사례금, 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다’고 규정하면서, 제1항에서 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비로서 일정 금액을 초과하는 금액은 해당 사업연도의 소득을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있고, 제2항에서 내국법인이 한 차례의 접대에 지출한 접대비 중 일정 금액을 초과하는 접대비로서 신용카드, 현금영수증을 사용하여 지출하는 접대비(제1호), 세금계산서 등을 발급받고 지출하는 접대비(제2호)에 해당하지 아니하는 것은 각 사업연도의 소득을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있다.

또한 구 법인세법 제67조는 ‘각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 본문은 ‘익금에 산입한 금액(손금에 산입하지 않은 금액포함)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우 귀속자가 주주 등인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당으로[(가)목, 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로[(나)목, 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출로[(다)목, 귀속자가 그 밖의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득으로[(라)목 한다’고 규정하고 있고, 같은 호 단서는 ‘다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다’고 규정하고 있으며, 같은 항 제3호는 ‘제1호에도 불구하고 다음 각 목의 금액은 기타 사외유출로 한다’고 규정하면서 (나)목에서 ‘구 법인세법 제25조 및 조세특례제한법 제136조에 따라 익금에 산입한 금액’을 규정하여 접대비를 손금불산입한 경우 기타 사외유출로 소득처분하도록 규정하고 있다.

(2) 그런데 쟁점 1과 관련하여 원고는 당초 2017 사업연도 법인세를 신고할 당시부터 상품권 및 선물 구입비 51,353,000원(이하 ‘쟁점 1 금액’이라 한다)이 구 법인세법상 손금에 산입 가능한 접대비의 한도를 초과한다고 판단하여 손금불산입하면서 위 금액이 거래처의 임직원들에 대한 접대비에 해당한다고 보아 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제3호 (나)목에 따라 ‘기타 사외유출’로 소득처분하였다. 이에 대하여 피고는 원고와 동일하게 쟁점 1 금액이 손금불산입 대상이라고 판단하였으나, 다만 위금액이 사외유출되었음에도 그 귀속자가 불분명하다고 보아 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서에 따라 ‘대표자에 대한 상여’로 소득처분하였다. 즉, 쟁점 1 금액이 손금불산입 대상이라는 점, 원고의 사외로 유출되었다는 점에 대해서는 당사자들 사이에 다툼이 없으나, 원고는 위 금액이 거래처 임직원들에 대한 접대비로 사용되어 ‘기타 사외유출’로 소득처분하여야 한다고 주장하고 있고, 피고는 위 금액의 사용처를 확인할 수 없어 ‘대표자에 대한 상여’로 소득처분하여야 한다고 주장하고 있는 것이다.

결국 쟁점 1과 관련하여 쟁점 1 금액이 손금 산입 대상 접대비인지 여부(구 법인세법 제25조 제1항, 제2항에서 정한 접대비의 손금 산입 요건을 갖추었는지 여부)는 문제되지 않고, 다만 쟁점 1 금액이 거래처 임직원들에 대한 상품권 및 선물 구입대금으로 사용되었는지 여부가 문제된다.

나) 구체적 판단

살피건대, 앞서 든 증거들과 갑 제6 내지 9, 20, 21호증, 을 제2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정에 비추어 보면, 쟁점 1 금액 51,353,000원은 원고의 거래처 임직원들에 대한 상품권 및 선물 구입비로 사용되었다고 보이므로, 그 귀속자가 불분명한 경우에 해당하지 않는다. 그런데도 피고는 쟁점 1 금액의 귀속자가 불분명하다고 보아 이를 원고의 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 이 사건 소득금액변동통지를 하였으므로, 이 사건 소득금액변동통지는 그 과세요건사실이 인정되지 않아 위법하고, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(1) 원고는 쟁점 1 금액을 계정별원장의 ‘접대비’ 과목에 계상하여 이를 회계장부상 접대비로 회계처리하였다(갑 제20호증 참조). 구체적으로, 2017. 1. 5.자 ‘명절용 상품권 구매’ 또는 ‘거래처 접대비’ 항목으로 15,100,000원을, 2017. 1. 10.자 ‘상품권 구매’ 항목으로 5,000,000원을, 2017. 9. 14.자 ‘상품권구입’ 또는 ‘거래처 접대비’ 항목으로 15,000,000원을, 2017. 9. 20.자 ‘거래처 상품권’ 항목으로 5,000,000원을, 2017.12. 26.자 ‘진OOO 대표이사 접대비’ 항목으로 11,253,000원을 회계처리 하였으므로, 쟁점 1 금액 51,353,000원은 모두 원고의 회계장부상 접대비로 계상되어 있고, 그 내역 또한 비교적 구체적으로 기재되어 있다고 보이므로, 원고가 쟁점 1 금액을 장부에 기재하지 않고 사외유출하였다고는 볼 수 없다.

(2) 쟁점 1 금액 중 상품권 구입비 40,100,000원과 관련하여, 2017. 1. 5.자로 회계처리한 15,100,000원, 2017. 1. 10.자로 회계처리한 5,000,000원에 대해서는 원고가 2017. 1. 5. 이마트에서 10만 원권 상품권 201매를 구매한 영수증 및 전표가 존재하고(갑 제6호증의 1, 을 제2호증의 1 참조), 2017. 9. 14.자로 회계처리한 15,000,000원, 2017. 9. 20.자로 회계처리한 5,000,000원에 대해서는 원고가 2017. 9. 14. 이마트에서 10만 원권 상품권 200매를 구매한 영수증 및 전표가 존재한다(갑 제6호증의 2, 을 제2호증의 1 참조). 이처럼 위 상품권 구입비는 접대비 과목에 계상된 금액과 정확히 일치하는 증빙자료가 존재하고, 상품권 구입 시기 또한 설 또는 추석과 인접하여 위 상품권을 거래처 임직원들에 대한 명절 접대용으로 사용하였다는 원고의 주장에 부합하며, 원고가 작성한 ‘2017년 설 건설사 상품권 지급현황’, ‘2017년 추석 건설사 상품권 지급현황’(갑 제7호증의 1, 2 참조)에도 위 40,100,000원을 초과하는 상품권 지급내역이 기재되어 있는바, 위 40,100,000원은 거래처 임직원들에 명절 선물용으로 교부한 상품권 구입비용으로 사용되었다고 보는 것이 합리적이다.

(3) 이에 대하여 피고는, ‘2017년 설 건설사 상품권 지급현황’, ‘2017년 추석건설사 상품권 지급현황’에 기재된 상품권 액수는 54,300,000원으로 원고의 회계장부상 2017 사업연도 상품권 구매액 40,100,000원과 일치하지 않아 이를 신뢰할 수 없다고 주장한다. 그러나 이는 원고가 기존에 구매하여 보유하고 있던 상품권과 2017년에 구매한 상품권을 함께 사용하였기 때문인 것으로 보이는바, 위와 같은 사정만으로 상품권 구입비 40,100,000원의 귀속자가 불분명하다고 볼 수는 없다.

(4) 다음으로 쟁점 1 금액 중 결혼 선물 구입비 11,253,000원에 대하여 보건대, 2017. 12. 당시 원고의 거래처인 주식회사 진OOO의 대표이사로는 김OO가 재직하고 있었고(갑 제21호증 참조), 원고는 김OO의 딸인 김OO의 2018. 1. 27.자 결혼식에 초대받았으며(갑 제8호증 참조), 이에 2017. 12. 22. 신세계백화점 경기점에서 냉장고를 3,340,000원에, TV를 1,896,000원에, 세탁기를 3,929,000원에, 에어컨 2대를 2,088,000원에 구입하여 이를 김OO에게 배송시킨 것으로 보인다(갑 제9호증 참조).

이에 비추어 보면, 위 11,253,000원(= 3,340,000원 + 1,896,000원 + 3,929,000원 + 2,088,000원)은 원고의 거래처 대표이사 자녀에 대한 결혼 축하선물 구입비로 사용되었다고 보는 것이 합리적이다.

(5) 그런데 피고는 이 사건에서 쟁점 1 금액과 관련하여 ‘법인 명의 신용카드로 구입하지 않아 접대비로 인정할 수 없다’라거나, ‘통상적인 선물에 비하여 매우 과다한 금액으로 사회적으로 용인될 수 없다’는 등의 주장을 하고 있으나, 이 사건에서는 쟁점 1 금액이 법인세법상 접대비로서 손금 산입 요건을 갖추었는지 여부가 문제되는 것이 아니라 쟁점 1 금액이 어떠한 용도로 사용되었는지, 누구에게 귀속되었는지가 문제되는 것이므로, 위와 같은 주장이 쟁점 1의 과세요건사실 입증과 직접적인 관련이 있다고 보이지 않는다.

(6) 결국 쟁점 1 금액 51,353,000원은 원고의 거래처 임직원들에 대한 상품권 및 선물 구입비로 사용되었다고 보이므로, 그 귀속자가 불분명한 경우에 해당하지 않아 이를 대표자에 대한 상여로 소득처분할 수 없다.

2) 쟁점 2에 관한 판단

피고는 쟁점 2와 관련하여 유OO이 A법인의 대표이사로 재직하면서 위 회사를 위한 업무를 수행하였을 뿐 원고의 업무를 수행하였다고 볼 수 없다고 판단하여 유OO에 대한 인건비 72,575,000원을 2017 사업연도의 손금에 산입하지 않았다.

그러나 앞서 든 증거들과 갑 제10, 22, 31 내지 36, 40호증, 을 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 유OO은 원고의 해외 영업업무를 수행하였다고 볼 여지가 충분하므로, 피고가 제출한 증거만으로는 유OO에게 지급한 인건비가 원고의 업무와 무관하게 지급한 것이라거나,부당하게 지급된 것으로서 손금불산입 대상이라고 인정하기에 부족하다. 따라서 쟁점2에 관한 과세요건사실 역시 인정되지 않으므로, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장도 이유 있다.

가) 유OO은 1996. 1.경부터 2015. 5.경까지 삼성전자 주식회사에서 근무하였고, 2015. 6.경 베트남에 원고의 자회사인 A법인을 설립하였는데, A법인은 과세관청에 원고의 베트남 해외 현지법인으로 등록되어 있고, 냉난방 시스템 설치, 공조장비 설치, 기계설비 설치 등을 주요 사업으로 영위하고 있어 원고와 동일한 형태의 사업을 수행하고 있다. 이러한 A법인의 설립 경위, A법인의 지분 구조, 원고와 A법인의 명칭에 ‘A’라는 표현이 공통으로 사용되는 점 등에 비추어 보면, 원고의 동남아시장 진출 및 해외 사업 수주를 위하여 유OO과 합작으로 베트남에 A법인을 설립하였다는 원고의 주장은 설득력이 있다.

나) A법인은 2017. 4.경 삼성전자가 베트남 하노이에 건축하는 공장 기숙사의 공조장비 설치 공사를 수주하였고, 이를 원고에게 다시 하도급하여 원고의 직원이 베트남에 파견되어 해당 용역을 제공하였다. 또한 유OO은 2017. 8. 2. 원고의 대표이사 김OO에게 ‘포스코건설이 필리핀에 건설하는 아파트의 시스템에어컨 설치공사에 대한 견적 의뢰가 들어왔는데 원고가 이를 진행하는 것이 어떠한가’라는 취지의 이메일을 보냈고, 이에 원고의 직원은 2018. 6. 15. 유OO에게 위 공사에 입찰하기 위한 견적서를 보냈으며, 유OO은 이를 발주처에 제출하는 등 원고의 공사 수주를 위한 업무를 수행하였다. 그 외에도 유OO은 베트남 등에서 거주하며 동남아시아의 시장 정보 및 공사 수주 기회 등을 원고에게 수차례 보고함으로써 원고가 동남아시아에서 공사를 수주할 수 있도록 하는 영업활동을 수행한 것으로 보인다. 이에 비추어 보면, 유OO은 A법인을 설립한 이후 해당 회사를 운영함과 동시에 원고의 해외파견 직원으로서 원고의 해외영업 등의 업무도 함께 수행한 것으로 볼 여지가 충분하다.

다) 원고는 2017년에 유OO에게 인건비 72,575,000원을 지급하고 이를 급여 비용으로 회계처리하였고, 이에 대한 소득세를 원천징수하여 납부하였으며, 유OO과 원고 사이에 무상으로 위와 같은 금액을 지급할 만한 관계가 있다고 볼 만한 아무런 자료가 없으므로, 원고는 유OO에게 원고의 업무 수행에 대한 대가로서 위 인건비를 지급하였다고 보는 것이 합리적이다.

라) 실제로 원고는 2018년부터 2022년까지 매년 유OO과 근로계약을 체결하여 연 7,000만 원의 급여를 지급하여 왔는바, 이는 원고가 2017년에 유OO에게 지급한 72,575,000원 역시 유OO의 업무 수행에 대한 급여 명목으로 지급한 것임을 뒷받침한다.

마) 이에 대하여 피고는 유OO이 A법인의 대표이사이므로, 유OO이 수행한 업무는 원고의 직원으로서가 아니라 A법인의 대표이사로서 수행한 것이라고만 주장하고 있을 뿐, 그렇다면 어떠한 명목으로 원고가 유OO에게 2017년에 72,575,000원을 지급한 것인지에 대하여 납득할 만한 설명을 하지 못하고 있다. 따라서 피고가 주장하는 위와 같은 사정만으로는 유OO에게 지급된 인건비가 원고의 업무를 수행하지 않은 사람에게 지급된 것으로서 원고의 업무와 무관하게 지급되었다는 등의 과세요건사실을 입증하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

3) 쟁점 3에 관한 판단

가) 관련규정 및 법리

구 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호 본문에 의하면 이익처분에 의하여 손비로 계상한 금액을 원칙적으로 손금에 산입하지 않도록 하고 있고, 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있으며, 그 위임에 따라 구 법인세법 시행령 제43조 제1항은 ‘법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있다.

법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 앞서 본 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 구 법인세법 제26조, 구 법인세법 시행령 제43조의 입법 취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적․계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다.

또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 위 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 그 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 참조).

나) 구체적 판단

앞서 든 증거들과 갑 제11, 12, 24, 25, 26호증, 을 제4호증의 각 기재에 변론전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 2017년에 이OO에게 급여 명목으로 지급한 77,916,740원은 비상임감사로서의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 실질적으로 원고의 최대주주이자 대표이사인 김OO의 배우자인 이OO에게 법인에 유보된 이익을 분여한 것에 해당한다고 봄이 타당하다. 이와 다른 전제에서 한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 원고의 일일입출금장부, 월 매입채무 결제리스트, 월 도급비 지출내역서의 ‘감사확인’란에 이OO 명의 도장이 날인된 것은 사실이나, 위 도장을 날인한 사람, 위 도장이 날인된 경위, 위 서류의 검토 과정에서 이OO가 수행한 업무 등을 구체적으로 알 수 있는 별다른 자료가 없는 이상 위와 같은 도장 날인 사실만으로 이OO가 원고의 감사로서 상당한 정도의 업무를 수행하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이OO가 원고에서 수행한 구체적인 업무를 알 수 있는 증거가 없다.

(2) 원고의 전․현직 직원들이 작성한 확인서(갑 제25호증)에 이OO가 감사로서의 직무를 수행하고 있다는 취지가 기재되어 있는 것은 사실이나, 확인서 작성자와 원고의 관계, 확인서 작성 경위 등에 비추어 볼 때 그 기재를 그대로 믿기는 어렵다. 더욱이 위 확인서에 의하더라도 이OO는 2017년에 직접 원고의 회계업무를 수행하지는 않았고, 주요 지출 항목 등에 대하여 검토하는 감사로서의 업무만을 수행하였다는 것인바, 설령 이OO가 감사로서의 업무를 일부 수행하였더라도 그러한 업무가 연 약 8,500만 원(이OO가 2017. 11.경 퇴사하여 2017년에 총 77,916,740원이 실제 지급되었다) 상당의 급여를 수령할 정도에 이르는 것으로 보이지는 않는다.

(3) 실제로 원고의 회계장부를 작성하고 세무신고를 하는 등 회계업무를 총괄하는 임OO의 2017년 연 급여가 약 5,200만 원이었던 반면, 원고에 정기적으로 출퇴근하는 것이 아닌 비상임 근무를 하고, 수행한 업무의 구체적인 내역을 확인하기도 어려운 이OO의 연 급여는 약 8,500만 원에 이르렀는바, 이는 이OO가 원고로부터 급여 명목으로 수령한 금액은 비상임감사로서 수행한 업무에 대한 대가로서가 아니라 대표이사의 배우자여서 지급받은 것임을 뒷받침한다.

(4) 더욱이 원고의 대표이사 김OO은 2017년에 원고로부터 급여로 10억 1,300만 원을 지급받은 반면, 이OO가 2017년에 원고로부터 급여 명목으로 지급받은 금액은 77,916,740원이고, 그 외에 다른 소득을 얻었다고 볼 만한 아무런 자료가 없다.

따라서 원고에 유보된 이익을 김OO이 급여, 상여, 배당 등의 명목으로 지급받지 않고 이OO가 급여 명목으로 지급받음으로써 훨씬 적은 소득세를 부담할 수 있으므로[실제로 위 77,916,740원과 관련하여 원천징수된 소득세는 약 800만 원에 불과하다(을 제4호증의 3 제11, 12쪽 참조), 김OO과 이OO에게는 급여 명목으로 이OO에게 원고의 이익을 분여할 유인 역시 존재한다.

4) 쟁점 4에 관한 판단

가) 관련 규정

구 법인세법 제40조 제1항은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 규정하고 있고, 제2항은 ‘제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제69조 제1항 본문은 ‘건설ㆍ제조 기타 용역의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 ’작업진행률‘이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다’고 규정하고 있다. 이에 따른 법인세법 시행규칙 제34조 제1항은 ‘해당 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액’을 ‘총공사예정비’로 나누어 작업진행률을 산정한다고 규정하고 있고, 제2항은 ‘제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다’고 규정하고 있으며, 제3항 제1호는 각 사업연도의 익금에 산입하는 금액은 ‘계약금액에 작업진행률을 곱한 금액’에서 ‘직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액’을 차감하여 산정한다고 규정하고 있다.

나) 인정사실

앞서 든 증거들과 갑 제13, 14, 27, 28, 29호증, 을 제5호증의 각 기재에 변론전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실이 인정된다.

(1) 원고는 2016. 6. 20. OO단지 주택재건축정비사업조합과 사이에 공사기간을 2016. 6. 20.부터 2019. 2. 28.까지로, 공사대금을 7,850,000,000원으로 정하여 주택재건축 현장에 지열․태양광 연료전지를 설치하기로 하는 내용의 신재생에너지공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다) 도급계약(이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다)을 체결하였다.

(2) 원고는 2016 내지 2019 사업연도에 이 사건 공사와 관련한 총공사예정비, 총공사비누적액, 작업진행률, 공사수입금액 등을 아래와 같이 산정하여 법인세를 신고하였다.

(3) 그런데 피고는 원고의 영업관리부서에서 작성한 실행예산서에 이 사건 공사의 공사예정비가 아래와 같이 산정되어 있고, 이 사건 공사와 관련한 연료전지 물품공급 계약서, 연료전지 설치공사 도급계약서, 천공트랜치 건설기계 임대차 표준계약서 등에 아래 금액과 일치하는 계약금액이 기재되어 있다는 이유로 2017년 말 기준 이사건 공사의 총공사예정비를 6,079,826,000원으로 산정하였다.

(4) 이에 피고는 2017년 말까지 발생한 총공사비누적액을 1,408,370,429원으로, 총공사예정비를 6,079,826,000원으로 보아 작업진행률을 23.16%(=1,408,370,429원/6,079,826,000원)으로 산정하였고, 이에 따라 2017년 공사수입금액을 143,235,045원 증가시켜 이를 원고의 2017 사업연도 익금에 산입하였다.

(5) 그런데 2017 사업연도에 적용되는 일반기업회계기준은 ‘공사원가’에 대하여 규정하면서 공사원가를 구성하는 항목으로 ‘특정공사에 관련된 공사직접원가’, ‘특정공사에 개별적으로 관련되지는 않으나 여러 공사활동에 배분될 수 있는 공사공통원가’, ‘계약조건에 따라 발주자에게 청구할 수 있는 기타 특정공사원가’를 들고 있고, ‘특정공사에 배분될 수 있는 공사공통원가에는 보험료, 특정공사에 직접 관련되지 않은 설계와 기술지원비, 기타 공사간접원가 및 자본화될 금융비용 등이 있다’라고 규정하고 있다.

(6) 원고는 이 사건 공사를 비롯한 원고의 여러 공사에 공통으로 지출된 재료비, 인건비(설계 업무를 담당하는 임직원 등에 대한 인건비 포함), 보험료 등을 원고의 개별 공사에 안분하여 왔고, 2017년 말 기준 이 사건 공사에 배분된 공사공통원가는502,548,809원에 해당한다.

다) 구체적 판단

위 인정사실과 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거만으로는 2017년 말 기준 이 사건 공사의 총공사예정비가 6,079,826,000원이라고 인정하기에 부족하고, 오히려 원고가 산정한 총공사예정비가 일반기업회계기준에 보다 부합하는 것으로 보인다. 따라서 쟁점4와 관련된 과세요건사실이 입증되었다고 보기 어렵고, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(1) 법인세법 시행규칙 제34조 제2항은 ‘총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다’고 규정하고 있고, 일반기업회계기준은 이 사건 공사에 직접 사용된 ‘공사직접원가’ 외에도 이 사건 공사에 개별적으로 관련되지는 않으나 여러 공사에 공통되어 지출된 비용으로 이 사건 공사에 배분될 수 있는 ‘공사공통원가’ 역시 공사원가를 구성하는 항목으로 규정하고 있다.

(2) 그런데 피고는 원고의 영업관리부서에서 작성한 실행예산서에 기재된 금액을 기초로 이 사건 공사의 총공사예정비를 6,079,826,000원으로 산정하였는데, 위 총공사예정비를 구성하는 항목은 ‘연료전지 물품대금’, ‘연료전지설치비’, ‘천공트랜치 대여비’, ‘자재비’ 등 이 사건 공사와 관련하여 직접 지출하는 비용으로만 구성되어 있고, 보험료, 여러 공사에 대한 설계 업무를 담당하는 인력의 인건비, 공통되는 공사의 자재를 보관하는 창고의 임차료 등 여러 공사에 공통되어 지출된 비용은 전혀 포함되어 있지 않은 것으로 보인다.

(3) 반면, 원고가 공사직접원가와 공사공통원가를 모두 고려하여 산정한 이 사건 공사의 총공사예정비는 2017년 말 기준 6,600,626,000원으로, 위 금액과 피고 산정금액에는 520,800,000원(= 6,600,626,000원 – 6,079,826,000원)의 차이가 있는바, 위 차액의 대부분은 피고가 총공사예정비를 산정하는 과정에서 이 사건 공사에 배분된 공사공통원가 502,548,809원을 누락함에 따라 발생한 것으로 보인다.

(4) 따라서 피고가 제출한 증거만으로는 이 사건 공사의 2017년 말 기준 총공사예정비가 6,079,826,000원이라고 인정하기에 부족하고, 오히려 이 사건 공사에 배분된 공사공통원가를 반영하여 원고가 산정한 총공사예정비 6,600,626,000원이 기업회계기준에 부합하여 법인세법 시행규칙 제34조 제2항에서 정한 총공사예정비의 산정방법에 부합한다고 할 것이다.

5) 쟁점 5에 관한 판단

가) 관련 규정 및 법리

국제조세조정에 관한 법률이 제정되기 전의 구 법인세법 시행령(1995. 12. 30.대통령령 제14861호로 개정되기 전의 것) 제46조 제4항은 국제거래의 경우 부당행위계산부인의 기준이 되는 시가 등의 산정방법을 정함으로써 국제거래에 관하여도 법인세법에 따른 부당행위계산부인을 할 수 있도록 정하였다. 그런데 1995. 12. 6. 법률 제4981호로 제정된 국제조세조정에 관한 법률(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 국제조세조정법’이라고 한다)은 특수관계 있는 자 간의 국제거래에 대하여 국제적으로 일반화되어 통용되고 있는 기준에 따르기 위하여 국제조세조정에 관한 법률을 다른 법률에 우선 적용하도록 하고 이와 아울러 법인세법 등에서 관련규정을 모두 삭제하였다. 다만 국제조세조정에 관한 법률에서 정한 정상가격에 의한 과세조정(이른바 ‘이전가격세제’)의 적용 요건과 법인세법에서 정한 부당행위계산부인의 요건이 서로 달라 이들 규정의 적용범위에 관하여 논란의 소지가 있자, 2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되어 2003. 1. 1.부터 시행된 국제조세조정에 관한 법률(2006. 5. 24. 법률 제7956호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정된 국제조세조정법’이라고 한다)은 제3조 제2항을 신설하여 이전가격세제의 적용이 어려운 일정한 자산의 증여 등에 대하여는 법인세법의 부당행위계산부인 규정을 적용하도록 하였다.

이러한 법인세법과 국제조세조정법의 제․개정 연혁과 상호관계, 국제조세조정법 제3조 제2항의 내용과 그 신설 경위, 부당행위계산부인과 이전가격세제의 취지와 목적 등을 종합하여 보면, 국외 특수관계자와의 국제거래에 대하여, 개정전 국제조세조정법이 제정․시행된 후 개정 국제조세조정법이 시행되기 전까지는 구 국제조세조정법의 정상가격에 의한 과세조정에 관한 규정이 적용될 뿐 법인세법의 부당행위계산부인 규정이 적용되지 아니하는 반면, 개정된 국제조세조정법이 시행된 이후부터는 그 제3조 제2항에서 정한 일정한 자산의 증여 등에 한하여는 법인세법의 부당행위계산부인규정이 적용되고, 나머지 거래에 관하여는 개정 국제조세조정법의 정상가격에 의한 과세조정에 관한 규정이 적용된다고 해석함이 타당하다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2013두6862 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞서 든 증거들과 갑 제15, 16호증, 을 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 A법인에 공사를 하도급한 거래에 대하여 구 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용할 수는 없다. 그런데도 피고는 법인세법상 부당행위계산부인 규정이 적용됨을 전제로 외주비 36,436,026원을 원고의 2017 사업연도 손금에 산입하지 않았으므로, 이 사건 법인세 부과처분 중 위 금액의 손금불산입으로 인하여 발생한 부분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장도 이유 있다.

(1) 원고는 2017. 2.경 삼OOOOO로부터 베트남 호치민 OO전자 공장 내 공조기 설치 및 시운전 공사를 공사기간 2017. 1. 31.부터 2017. 2. 25.까지, 공사대금 223,500,000원으로 정하여 도급받았고, 그 무렵 A법인에게 위 공사를 216,096,206원(미화 191,151달러)에 하도급하였으며(이하 ‘쟁점 5 하도급 거래’라 한다), 위 외주비 216,096,206원을 2017 사업연도의 손금에 산입하였다. 그런데 피고는 원고가 223,500,000원에 도급받은 공사를 에OOOOO에 216,095,206원에 하도급한 것은 지나치게 높은 금액에 하도급한 것에 해당하므로, 구 법인세법 제52조 제1항, 제2항의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 적정 공사원가율인 80%에 따라 재산정한 외주비 179,660,180원만을 손금에 산입하였고, 이를 초과한 외주비 36,436,026원은 원고의 2017 사업연도 손금에 산입하지 않았다.

(2) 그러나 구 국제조세조정에 관한 법률(2017. 12. 19. 법률 제15221호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법’이라 한다) 제2조 제1항 제1호, 제3조 제2항 본문은 거래 당사자의 어느 한 쪽이나 양쪽이 비거주자나 외국법인인 국제거래에 대해서는 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하지 않도록 규정하고 있고, 다만 제3조 제2항 단서, 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28643호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법 시행령’이라 한다) 제3조의2에서 자산을 무상으로 증여하는 경우 등 예외적으로 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있는 경우를 열거하고 있다. 그런데 A법인은 베트남 소재 외국법인에 해당하여 쟁점 5 하도급 거래는 원칙적으로 법인세법상 부당행위계산부인 규정이 적용되지 않는 국제거래에 해당하고, 구 국제조세조정법 시행령 제3조의2 각 호에 따라 예외적으로 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있는 경우에 해당한다고 보이지도 않으므로, 쟁점 5 하도급 거래에 대하여 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용할 수는 없고, 구 국제조세조정법에서 정한 정상가격에 의한 과세조정에 관한 규정을 적용하여야 한다.

(3) 그런데도 피고는 구 법인세법 제52조 제1항, 제2항을 적용하여 외주비를 재산정하였을 뿐 구 국제조세조정법을 적용하지 않았고, 정상가격에 의한 과세조정에 필요한 정상가격 산출 등을 진행하지도 않았으며, 현재까지도 이에 관한 주장․입증은 전혀 하지 않고 있다. 따라서 이 사건 법인세 부과처분 중 쟁점 5와 관련하여 구 법인세법 제52조가 적용됨을 전제로 한 부분은 위법하다.

다) 가정적 판단 – 법인세법상 부당행위계산부인 규정의 요건 충족 여부

나아가, 설령 피고가 주장하는 바와 같이 쟁점 5 하도급 거래에 구 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있는 예외적인 경우에 해당한다고 하더라도, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어보면, 쟁점 5 하도급 거래가 구 법인세법 제52조 제1항, 제2항에서 정한 부당행위계산부인 규정의 요건을 충족한다고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 법인세 부과처분 중 쟁점 5로 인한 부분은 이러한 점에서도 위법하다.

(1) 구 법인세법 제52조 제1항은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하고 있고, 제2항은 ‘제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 ’시가‘라 한다)을 기준으로 한다’고 규정하고 있으며, 제4항은 ‘제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제88조 제1항은 각 호에서 부당행위계산의 유형에 대하여 규정하고 있고, 제89조 제1항은 ‘구 법인세법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다’고 규정하여 ‘시가’의 산정방법에 대하여 규정하고 있으며, 제2항에서는 ‘시가’가 불분명한 경우의 계산방법에 대하여 규정하고 있다.

(2) 따라서 쟁점 5 하도급 거래에 구 법인세법 제52조 제1항, 제2항의 부당행위계산부인 규정을 적용하기 위해서는 과세관청이 쟁점 5 하도급 거래의 하도급 대금 또는 재하청 원가율이 시가에 비하여 높다는 사실을 입증해야 하는데, 이와 관련하여 피고는 국내 19개 업체의 공사현장별 ‘공사원가율’이 약 70~75%라는 이유로 쟁점 5 하도급 거래의 적정한 시가가 80%라고 판단하였다.

(3) 그러나 쟁점 5 하도급 거래는 공조기 설치 및 시운전 공사를 도급받은 원고가 해당 공사를 그대로 A법인에 하도급한 것으로서, ① 원수급인이 전혀 공사를 진행하지 않고 하수급인에게 공사 전부를 위임하였다는 점, ② 공사현장이 베트남 호치민으로 외국인 점, ③ 원수급인인 원고는 국내에 소재하고 있고, 하수급인인 A법인은 베트남에 소재하고 있어 하수급인의 공사현장 접근성이 훨씬 높은 점, ④ 공사기간(약 26일) 및 공사규모(공사대금 223,500,000원)에 비추어 볼 때 원고가 직접 베트남에 직원들을 파견하여 공사를 수행하거나 공사를 관리․감독하는 것보다는 높은 재하청 원가율을 적용하더라도 하수급인에게 공사 일체를 하도급하는 것이 더 경제적 합리성이 있을 여지가 충분한 점 등의 특징을 가지고 있다. 그런데 피고가 ‘공사원가율’을 산정하면서 활용한 자료인 ‘현장별 매출 및 원가 집계표’(을 제6호증의 2)의 기재에 의하면, 피고가 활용한 자료는 피고가 임의로 선정한 국내 업체들이 국내에서 공사를 진행한 경우의 자료이고, 원수급인이 도급받은 공사 전부를 그대로 하수급인에게 하도급한 경우인지도 의문이며, 공사규모․공사기간․공사현장에의 접근성 등에서 쟁점 5 하도급 거래와 유사한 것으로 보이지도 않는다. 따라서 위 ‘현장별 매출 및 원가 집계표’의 기재만으로는 피고가 산정한 ‘공사원가율’이 쟁점 5 하도급 거래와 유사한 상황에서 일반적으로 거래된 가격이라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없으므로, 쟁점 5 하도급 거래가 구 법인세법 제52조 제1항, 제2항, 구 법인세법 시행령 제89조 제1항에서 정한 부당행위계산부인의 요건을 충족한다고 보기도 어렵다.

라) 쟁점 5에 관한 소결론

결국 쟁점 5 하도급 거래에는 구 국제조세조정법상 정상가격에 의한 과세조정에 관한 규정이 적용될 뿐 구 법인세법상 부당행위계산부인 규정은 적용되지 않고, 설령 구 법인세법상 부당행위계산부인 규정이 적용될 수 있다고 하더라도, 쟁점 5 하도급 거래가 부당행위계산부인 규정을 적용하기 위한 구 법인세법상 요건을 충족한다고 보이지도 않으므로, 이 사건 법인세 부과처분 중 쟁점 5로 인한 부분은 어느 모로 보나 위법하다.

6) 쟁점 6에 관한 판단

가) 원고가 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

(1) 관련규정 및 법리

구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 본문은 ‘세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 ’필요적 기재사항‘이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다’고 규정하고 있다.

부가가치세의 과세에 있어, 어느 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 등의 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 그 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 소정의 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청에게 있다(대법원 2009. 2. 26. 선고 2008두15206 판결 등 참조).

(2) 구체적 판단

그런데 갑 제17, 18, 19, 30호증, 을 제7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정에 비추어 보면, 원고가 두OOOO로부터 수취한 매입세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다고 보기 어렵다.

따라서 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(가) 원고는 이 사건 공사에 필요한 연료전지를 공급받기 위해서 2016. 12. 15. 두OOOO과 사이에 2018. 12. 31.까지 연료전지를 공급받고 그에 대한 구매대금 3,520,000,000원(부가가치세 별도)을 지급하기로 하는 물품공급 계약(이하 ‘쟁점 6 물품공급 계약’이라 한다)을 체결하였고, 위 계약에 따른 선급금 352,000,000원(구매대금의 10%, 이하 ‘쟁점 6 선급금’이라 한다)는 계약 후 12개월 이내에 지급하기로 하였으며, 납품금 2,464,000,000원(구매대금의 70%)는 호기 별 제품 납품 완료 후 익월 말에, 잔금 704,000,000원(구매대금의 20%)는 시운전 및 전기검사 완료 후 익월 말에 각 지급하기로 하였다. 원고는 2017. 12. 5. 두OOOO로부터 공급가액 352,000,000원의 매입세금계산서(이하 ‘쟁점 6 세금계산서’라 한다)를 수취하였고, 2017. 12. 29. 두OOOO에 쟁점 6 선급금에 10%의 부가가치세를 더한 387,200,000원을 지급하였으며, 쟁점 6 세금계산서에 따른 매입세액을 공제하여 2017년 제2기 부가가치세를 신고하였다.

이에 대하여 피고는 원고가 두OOOO에 쟁점 6 선급금을 지급한 시점은 2017. 12. 5.가 아닌 2017. 12. 29.이므로, 쟁점 6 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 본문에 따라 그에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하여 이 사건 부가가치세 부과처분을 하였다.

(나) 그런데 위 사실관계에 따르면, 쟁점 6 물품공급 계약은 ‘계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 재화를 인도하는 날 또는 재화를 이용가능하게 하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우’에 해당하여 구 부가가치세법 제15조 제2항, 구 부가가치세법 시행령 제28조 제3항 제3호, 구 부가가치세법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제718호로 개정되기 전의 것) 제18조 제1호에서 정한 중간지급조건부 거래에 해당하므로(이 부분에 대해서는 당사자들 사이에 다툼이 없다), 쟁점 6 물품공급 거래에 따른 재화의 공급시기는 구 부가가치세법 시행령 제28조 제3항에 따라 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 때’라고 할 것이다.

(다) 나아가 쟁점 6 물품공급 거래에서 원고와 두OOOO은 ‘계약 후 12개월 이내’에 쟁점 6 선급금을 지급하기로 하였으므로, 쟁점 6 선급금에 상응하는 재화의 공급시기는 ‘2016. 12. 15.부터 2017. 12. 15.까지’라고 할 것이다. 쟁점 6 세금계산서는 위 기간 내인 2017. 12. 5. 발급되었으므로, 재화의 공급시기에 발급된 것에 해당하고, 쟁점 6 물품공급 거래는 실질적인 재화의 양도를 수반한 것으로서 가공의 거래가 아니므로, 쟁점 6 세금계산서에 기재된 필요적 기재사항(갑 제18호증 참조)에 사실과 다른 내용이 있다고 보이지도 않으며, 쟁점 6 선급금이 쟁점 6 세금계산서 수취 후에 지급되었다는 사실은 위 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하는지 여부에 아무런 영향을 미치지 않는다.

(라) 이에 대하여 피고는, 쟁점 6 물품공급 계약의 계약일인 2016. 12. 15. 당시에 재화의 공급시기가 도래하였으므로, 쟁점 6 세금계산서는 공급시기 후에 발급받은 세금계산서에 해당한다고 주장한다(2023. 8. 22.자 준비서면 제16, 17쪽). 그러나 앞서 본 바와 같이 쟁점 6 물품공급 계약은 쟁점 6 선급금의 지급시기를 2016. 12. 15.부터 2017. 12. 15.로 명시하였으므로, 중간지급조건부 거래에서 의미하는 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 때’는 위 기간을 의미한다고 봄이 타당하고, 피고가 주장하는 바와 같이 2016. 12. 15. 당일을 의미하는 것으로 보기는 어렵다. 따라서 쟁점 6 세금계산서는 재회의 공급시기에 발급되었다고 보일 따름이다.

(마) 결국 쟁점 6 세금계산서는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하지 않으므로, 그에 따른 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 있다.

나) 가정적 판단 – 사실과 다른 세금계산서의 거래사실이 확인되어 매입세액 공제가 허용되는 경우에 해당하는지 여부

(1) 관련규정 및 법리

구 부가가치세법 제37조, 제38조가 채택한 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 위해서는 과세기간별로 각 거래 단계에서 사업자가 공제받을 매입세액과 전단계 사업자가 거래징수할 매출세액을 대조하여 상호 검증하는 것이 필수적인 점을 고려하여, 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 본문은 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 의한 매입세액의 공제를 제한함으로써 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위한 제재장치를 마련하고 있다. 그러나 한편 같은 호 단서에서는 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서이더라도 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 저해하거나 세금계산서의 본질적 기능을 해치지 않는 것으로 볼 수 있는 경우에는 매입세액의 공제를 허용하는 것이 부가가치세제의 기본원리에 부합하는 점을 고려하여, 이에 해당하는 경우를 시행령으로 정하도록 위임하고 있고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제75조 제2호는 매입세액의 공제가 허용되는 경우의 하나로‘구 부가가치세법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우’를 규정하고 있다.

이들 규정의 문언 내용과 체계 및 취지 등에 비추어 보면, 사업자가 부가가치세를 부담하지 아니한 채 매입세액을 조기환급받을 의도로 공급시기 전에 미리 세금계산서를 발급받는 등의 특별한 사정이 없는 한, ‘공급시기 전에 발급된 세금계산서’이더라도 그 발급일이 속한 과세기간 내에 공급시기가 도래하고 그 세금계산서의 다른 기재사항으로 보아 거래사실도 진정한 것으로 확인되는 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제75조 제2호에 의하여 그 거래에 대한 매입세액은 공제되어야 할 것이다(대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결, 대법원 2016. 2. 18. 선고 2014두35706 판결 참조).

(2) 구체적 판단

위 법리에 비추어 보건대, 설령 피고가 주장하는 바와 같이 쟁점 6 세금계산서의 발급일과 쟁점 6 선급금의 지급일 사이에 차이가 있어 쟁점 6 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 사실과 다르게 적힌 것에 해당한다고 하더라도, 쟁점 6 세금계산서의 나머지 기재사항으로 보아 거래사실이 진실한 것으로 확인되는 경우에는 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 단서, 구 부가가치세법 시행령 제75조 제2호에 따라 해당 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있다.

그런데 원고가 두OOOO에게 쟁점 6 세금계산서에 기재된 공급가액 상당의 쟁점 6 선급금을 2017. 12. 29. 실제로 지급하면서, 쟁점 6 선급금의 352,000,000원에 10%의 부가가치세 35,200,000원을 더한 387,200,000원을 지급한 사실은 앞서 본 바와 같고, 위 지급일은 쟁점 6 세금계산서의 발급일인 2017. 12. 5.와 동일한 부가가치세 과세기간에 속하므로, 이러한 경우에는 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 단서, 구 부가가치세법 시행령 제75조 제2호를 적용하여 매입세액의 공제를 허용하는 것이 위 규정의 문언 및 취지에 부합하고, 나아가 부가가치세제의 기본원리에도 부합한다.

따라서 설령 피고가 주장하는 바와 같이 쟁점 6 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’라고 하더라도 그 거래사실의 진실성이 확인되어 쟁점 6 세금계산서에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는 경우에 해당하므로, 이러한 점에서도 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다.

다) 쟁점 6에 관한 소결론

결국 쟁점 6 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않고, 설령 해당한다고 하더라도 거래사실의 진실성이 확인되어 그 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는 경우에 해당하므로, 이 사건 부가가치세 부과처분은 어느 모로 보나 위법하다.

라. 소결

1) 쟁점 1과 관련한 과세요건사실이 인정되지 않으므로, 이 사건 소득금액변동통지는 위법하여 취소되어야 한다.

2) 쟁점 3을 제외한 쟁점 2, 4, 5와 관련한 과세요건사실이 인정되지 않으므로, 이 사건 법인세 부과처분 중 쟁점 3과 관련된 세액인 19,066,225원(손금불산입액 77,916,740원에 20%의 법인세율을 적용한 법인세 본세 15,583,348원 및 이에 대한 가산세 3,482,877원을 합한 금액)을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3) 쟁점 6과 관련하여, 쟁점 6 세금계산서에 따른 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 하므로, 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

(별지 생략)