대법원 1991. 9. 13. 선고 91누391 판결

1.  제1점에 대하여, 원심판결 이유에 의하면, 원심은 피고가 당초 1988.10.4.에 원고에 대하여 양도소득세 금 156,141,780원, 방위세 금 31,053,420원의 부과처분을 하자 원고가 이에 불복, 심사청구를 거쳐 국세심판소에 심판청구를 하였는데, 국세심판소는 1989.6.30. 위 부과처분 중 일부가 위법하다고 보고 "피고가 1988.10.14. 청구인(원고)에게 결정고지한 양도소득세 및 방위세의 부과처분은 양도차익을 금 236,070,229원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정결정한다"라는 결정을 하여 그 무렵 원. 피고에게 각 통지한 사실, 이에 피고는 위 국세심판소의 심판결정에 따라 1989.7.14. 양도소득세를 금 60,686,464원, 방위세를 금 12,137,299원으로 감액경정결정을 하여 이를 원고에게 통지한 사실, 그런데 원고는 국세심판소로부터 결정서 수령일로부터 국세기본법 제56조 제2항 소정의 제소기간인 60일 이내에 행정소송을 제기할 수 있다는 뜻이 부기된 위 심판결정을 송달받고서도 위 기간 내에 행정소송을 제기하지 아니한 채 위 1989.7.14.자 감액경정결정을 새로운 부과처분으로 보고 위 경정결정으로 취소되지 않고 남은 세액부분이 위법하다 하여 이에 대하여 다시 심사청구와 심판청구를 거쳐 1990.5.10.에야 이사건 소를 제기한 사실을 인정한 다음, 과세관청이 조세부과처분을 한 뒤에 그 불복절차과정에서 국세청장이나 국세심판소장으로부터 그 일부를 취소하도록 하는 결정을 받고 이에 따라 당초 부과처분의 일부를 취소, 감액하는 내용의 경정결정을 한 경우 위 경정처분은 당초 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이라 할 것이므로 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다고 하여 다투는 경우에는 항고소송의 대상이 되는 것은 당초의 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이 된다할 것이고, 경정결정이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니라 할 것이므로 이 경우 제소기간을 준수하였는지 여부도 당초처분을 기준으로 하여 판단하여야 할 것이라고 하면서 이사건 부과처분 취소의 소는 적법한 제소기간이 도과된 후에 제기된 것으로 부적법하다고 판시하였는바, 기록에 비추어 보면 원심의 사실인정은 정당하고 또한 감액경정처분과 당초처분과의 법률관계에 관한 원심의 위 판단도 정당하고 거기에 소론과 같은 심리미진, 사실오인 내지 법리오해의 잘못이 없다. 논지는 이유없다. 소론의 판례들은 이 사건에서 적절한 것이 아니다.

2.  제2점에 대하여, 피고가 이 사건 양도소득세의 과세표준을 산출함에 있어서 실지양도가액을 양도차익으로 하였으므로 그 취득가액은 없는 셈이 되어 취득가액을 산출 기초로 하는 양도소득특별공제액을 공제할 수는 없다고 판단하여 양도차익에서 양도소득특별공제액을 공제하지 아니한 잘못이 있다 하더라도 그 과세처분이 당연 무효의 처분이 될 수는 없다. 원심이 같은 취지에서 양도소득특별공제액을 공제하지 아니한 피고의 이 사건 과세처분이 당연 무효라는 원고의 주장을 배척한 것은 정당하고 거기에 사실오인 내지 법리오해의 잘못이 없다. 논지는 이유없다. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하여 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.