1. 원심은, 원고(당시 조합장 노승팔)가 재개발사업의 시행과 관련하여 서울특별시에 기부채납할 녹지를 확보하기 위하여 1994. 9. 7. 심명권으로부터 이 사건 토지의 3분의 1 지분을, 1994. 10. 29. 심상찬 외 2인으로부터 이 사건 토지의 3분의 1 지분을 각 금 1,292,330,000원에 매수하기로 하는 내용의 계약을 체결한 후, 1994. 12. 15.까지 심명권에게, 1995. 3. 15.까지 심상찬 등에게 잔금을 포함한 매매대금의 총액을 각 지급하였음에도, 그 소유권이전등기신청을 하지 아니하자, 피고가 1998. 10. 27. "원고가 반대급부의 이행이 사실상 완료된 날로부터 3년 이내에 소유권이전등기신청을 하지 않았다."는 이유로, 구 부동산실권리자명의등기에관한법률(2002. 3. 30. 법률 제6683호로 개정되기 전의 것, 아래에서는 '법'이라 쓴다) 제10조 등을 적용하여 이 사건 토지 지분 평가액의 30%에 상당한 금 785,060,400원을 과징금으로 부과하는 이 사건 처분을 하였다는 요지의 사실을 인정하였다. 원심은 나아가, 원래 명의신탁을 규제하려는 목적하에 제정된 법이 명의신탁자와 함께 장기미등기자에 대하여서도 일정한 제재를 과하려는 것은, 부동산을 취득한 자가 등기명의를 전 소유자 앞으로 두고 장기간 이전등기를 하지 않은 채 방치할 경우 명의신탁과 유사하게 투기, 탈세 등의 수단으로 이용될 가능성이 있다는 점을 고려하여 장기미등기자도 명의신탁자와 함께 그 규제의 대상으로 삼으려는 데에 그 취지가 있는바, 법 제10조 제1항 단서는 '등기를 신청하지 못할 정당한 사유'가 있는 경우에는 과징금의 부과대상에서 제외하고 있으므로, 장기미등기에 해당하는 사유가 있다 하더라도 위와 같은 입법 취지를 고려하여 등기를 해태하게 된 경위, 귀책사유의 존부, 불법적인 수단으로 사용하였는지 여부 등을 종합적으로 고려하여 등기를 신청하지 못할 정당한 사유가 있는 경우에는 과징금을 부과할 수 없다고 전제한 다음, 원고가 주장하는 것처럼 매도인들이 매매대금 전액을 지급받고도 원고에게 "양도소득세 예상금액을 미리 지급하지 않으면 이전등기신청에 필요한 인감증명서를 교부할 수 없다."는 입장을 고수하였기 때문이었다는 점만으로는 원고에게 등기를 신청하지 못할 정당한 사유가 있었다고 보기는 어렵지만, ① 원고가 이 사건 토지를 구입하게 된 이유가 재개발사업의 시행과 관련하여 조합 인가조건에 따라 서울특별시에 공공시설인 녹지를 기부채납하기 위한 것이었을 뿐, 이 사건 토지를 자신이 보유한다거나 전매하기 위한 것은 아니었던 점, ② 그렇기 때문에 이 사건 토지 지분에 관한 매매계약을 체결하면서, 그 계약에 "소유권 이전의 형식과 방법에 대하여는 매도인에게 지장이 없는 한도 내에서 매도인은 매수인의 요구에 응하여 주기로 한다."는 내용의 약정을 포함시켰고, 원고가 위 매도인들로부터 재개발사업 시행동의를 받는 형식으로 재개발사업을 진행하여 왔으며, 이 사건 재개발사업이 완료되면 이 사건 토지 지분에 관한 원고 앞으로의 소유권이전등기 여부와는 관계없이 결국 서울특별시 앞으로 소유권이전등기를 하여 공부상명의를 정리하게 될 것이라는 점, ③ 이 사건 토지상의 건물에 입주해 있는 자들 중 일부와의 사이에 이주비 등의 문제로 다툼이 있어 그들을 상대로 소송을 수행해 오고 있는데, 만일 이 사건 토지 지분 등에 대한 소유권이전등기를 마치게 되면 위 소송의 당사자 등 여러 사항에 영향을 미칠 우려가 있었을 것으로 보이는 점, ④ 이 사건 토지 지분에 관한 소유권이전등기는 원고의 입장에서 당장 필요하다고 보기 어려운 반면 매도인과 양도소득세 부담 및 이전방법 등에 대하여 협의하고 그 협의내용에 따라 양도소득세 해당금액을 매도인에게 미리 지급한다든지 하는 방법을 통해야 하므로 재정이 열악한 원고로서는 쉽게 취하기 어려웠을 것으로 보일 뿐 아니라 매도인과의 협의도 쉽지 않을 것으로 보이는 점, ⑤ 이러한 사정 외에 원고가 이 사건 토지 지분을 매도인 명의로 장기간 방치함으로써 투기, 탈세 등의 탈법행위를 꾀하였다고 볼 사정이 전혀 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지 지분에 대하여 소유권이전등기신청을 하지 못한 것은 법 제10조 제1항 단서에서 정한 '등기를 신청하지 못할 정당한 사유가 있는 경우'에 해당한다고 할 것인데도, 이를 간과한 채 이루어진 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.
2. 그러나 법 제10조 제1항 단서에서 장기미등기자에 대하여 과징금을 부과할 수 없는 사유의 하나로 정하는 '등기를 신청하지 못할 정당한 사유가 있는 경우'라 함은 장기미등기자의 책임으로 돌릴 수 없는 법령상 또는 사실상의 장애로 인하여 그에게 등기신청의무의 이행을 기대하는 것이 무리라고 볼 만한 사정이 있는 경우를 말한다 할 것이므로, 원고가 이 사건 토지 지분을 매도인 명의로 장기간 방치한 것에 투기나 탈세 등의 탈법행위의 목적이 없었다는 등의 원심이 내세운 위와 같은 사정들이 있었더라도 원고가 이 사건 토지 지분에 관한 소유권이전등기를 법이 정한 시기까지 이행하지 아니한 것이 위 '등기를 신청하지 못할 정당한 사유가 있는 경우'에 해당한다고 볼 수 없는 것이다. 그럼에도 원심이 견해를 달리하여 위와 같은 사정들만으로도 원고가 이 사건 토지 지분에 관한 소유권이전등기를 법이 정한 시기까지 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 된다고 보아 이 사건 처분이 위법하다고 판단한 데에는 법 제10조 제1항 단서에서 정한 '등기를 신청하지 못할 정당한 사유'에 관한 법리를 오해함으로써 판결에 영향을 끼친 위법이 있어 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 정당하기에 이 법원은 그 주장을 받아들인다.
3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원에 환송하기로 관여 대법관들의 의견이 일치되어 주문에 쓴 바와 같이 판결한다.