광주고등법원(제주) 2026. 7. 8. 2023누1691

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요지

현물출자일로부터 6개월 내지 8개월 후에 이 사건 출자 토지를 제3자에게 분할하여 매도하였는데, 분할 전후 토지는 면적과 모양만 분할되었을 뿐 위치, 지목, 이용상황, 접근성, 인근환경 등 토지의 가치를 결정하는 요소에 본질적인 차이가 발생하였다고 볼 만한 사정은 없고, 분할 후 토지의 단가 격차가 그리 크지 아니하는 등 이 사건 출자 토지가액이 과대평가되었다고 인정할 수 없다. 따라서 고가 현물출자에 해당하지 아니하므로 부당행위계산부인 처분은 위법하다.

판결내용

상세내용

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광 주 고 등 법 원 제 주 제 1 행 정 부 판 결

사 건 (제주)2023누1691 법인세등부과처분취소

원고, 항소인 1. 농업회사법인 RR 유한회사

2. 김YY

피고, 피항소인 JJ세무서장

제 1 심 판 결 제주지방법원 2023. 10. 17. 선고 2023구합5251 판결

변 론 종 결 2026. 5. 13.

판 결 선 고 2026. 7. 8.

주 문

1. 제1심판결 중 원고 김YY의 청구에 관한 부분 및 피고가 2021. 4. 6. 원고 농업회사법인 RR 유한회사에 대하여 한 2016사업연도 법인세 부과처분에 관한 부분을 취소한다.

2. 원고 김YY의 소를 각하한다.

3. 피고가 2021. 4. 6. 원고 농업회사법인 RR 유한회사에 대하여 한 2016사업연도 법인세 393,144,220원의 부과처분을 취소한다.

4. 원고 농업회사법인 RR 유한회사의 나머지 항소를 기각한다.

5. 원고 농업회사법인 RR 유한회사와 피고 사이에 생긴 소송 총비용 중 1/3은 원고농업회사법인 RR 유한회사가, 나머지는 피고가 각 부담하고, 원고 김YY과 피고 사이에 생긴 소송 총비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 주문 제3항 및 피고가 ① 2021. 11. 17. 원고 회사에 대하여 한 2016사업연도 원천징수분 법인세 126,259,240원의 부과처분, ② 2021. 11. 25. 원고 김YY에 대하여 한 2016년 귀속종합소득세 331,901,810원의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 다음과 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 5쪽 4행의 “192,623,782원”을 “192,636,780원”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 5쪽 8행의 “200,507,443원”을 “207,507,440원”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 5쪽 17행 아래에 다음과 같은 내용을 추가한다.

『2. 원고 김YY의 소의 적법 여부에 관한 직권판단

직권으로 이 사건 소 중 원고 김YY의 이 사건 소득세 처분에 대한 취소청구 부분의 적법 여부에 관하여 본다.

행정처분의 취소를 구하는 소가 제소 당시에는 소의 이익이 있어 적법하였더라도, 소송 계속 중 처분청이 다툼의 대상이 되는 행정처분을 직권으로 취소하면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않는 것이므로, 존재하지 않는 그 처분을 대상으로 한 항고소송은 원칙적으로 소의 이익이 소멸하여 부적법하다(대법원 2006. 9. 8. 선고 2006두8006 판결, 대법원 2020. 4. 9. 선고 2019두49953 판결 등 참조).

을 제11호증에 의하면, 피고가 2026. 5. 8. 원고 김YY에 대한 이 사건 소득세 처분을 직권 취소한 사실을 인정할 수 있는바, 이 사건 소 중 원고 김YY에 대한 이 사건 소득세 처분에 대한 취소청구 부분은 존재하지 않는 처분의 취소를 구하는 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.』

○ 제1심판결 5쪽 밑에서 4행의 목차 “2.”를 “3.”으로, 6쪽 밑에서 4행의 목차 “4.”를 “5.”로, 14쪽 마지막 행의 목차 ”6.”을 ”7.”로 각 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 5쪽 밑에서 2행부터 마지막 행까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다.

『4. 원고 회사 주장의 요지

가. 이 사건 징수 처분 및 익금산입분 법인세 처분의 위법성』

○ 제1심판결 6쪽 6행부터 14행까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다.

『 2) 제2주장(미실현이익에 대한 과세처분에 해당하여 부당함)

피고는 원고 회사가 이 사건 출자 토지를 처분할 때 과세하여야 함에도 이 사

건 출자 토지를 취득하는 시점에 과세하였는바, 이는 미실현이익에 대한 과세처분에 해당하여 부당하다.』

○ 제1심판결 7쪽 16행 아래에 다음과 같은 내용을 추가한다.

『 일반적으로 과세대상이 되는 법률관계나 소득 또는 행위 등의 사실관계가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이지만 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 그와 같이 과세 요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고 볼 수 없다(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결 등 참조).』

○ 제1심판결 8쪽 4행의 “나아가”부터 7행의 “부적법하다.”까지를 다음과 같이 고쳐쓴다.

『나아가 이 사건 소득금액 변동통지에 당연무효의 사유가 있는지에 관하여 보건대, 이 사건 현물출자 당시 이 사건 출자 토지에 관한 평가액이 과다평가 되었는지 여부는사실관계를 정확히 조사하여야만 비로소 밝혀질 수 있는 사항에 해당한다고 할 것이므로, 설령 이 사건 출자 토지가 과다평가 되었다고 본 피고의 판단이 잘못되었다고 하더라도, 그러한 하자는 이 사건 소득금액 변동통지의 취소사유에 해당할 뿐 당연무효사유에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 원고 회사의 소 중 이 사건 징수 처분 취소 청구부분은 항고소송으로 다툴 수 없는 것을 대상으로 하여 부적법하다.』

○ 제1심판결 8쪽 8행의 “5. 이 사건 소득세 처분과 익금산입분 법인세 처분의 적법 여부”를 “6. 이 사건 익금산입분 법인세 처분의 적법 여부”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 8쪽 11행부터 14쪽 밑에서 2행까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다.

『 1) 관련 법령 및 법리

가) 구 법인세법 제52조 제1항은 “납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.”라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율․이자율․임대료 및 교환비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.”라고 규정하여 부당행위계산 부인의 적용기준을 정하고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항은 위 법조항에서 말하는 부당행위계산의 유형을 보다 구체화하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우의 유형으로 ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받은 경우’를 들고 있다(제1호).

한편, 구 법인세법 시행령 제89조는 제1항에서 부당행위계산 부인에 적용되는

시가와 관련하여 “법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.”라고 하면서, 제2항에서는 시가가 불분명한 경우 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있으면 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액)에 의하되(제1호), 그 감정가액이 없는 때에는 상속세 및 증여세법 제38조, 제39조, 제39조의2, 제39조의3, 제61조부터 제66조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 시가로 보도록 정하고 있다(제2호). 구 상속세 및 증여세법 제61조 제1항은 “부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.”고 정하면서, 제1호에서 토지에 관하여 “부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가”라고 정하고 있다. 결국 거래실례가격 등 시가를 분명히 알 수 있는 경우에는 그 가격이 감정가격이나 다른 보충적 평가방법에 우선하여 적용되고, 시가가 불분명한 경우에는 감정가격과 상속세 및 증여세법의 규정이 순차로 적용된다고 할 것이다.

나) 이러한 관련 법령의 문언과 그 취지에 의하면 구 법인세법 제52조가 정하는 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 하는 것으로 해석된다(대법원 2018. 10. 25. 선고 2016두39573 판결 참조).

2) 구체적 판단

피고는 이 사건 출자 토지의 현물 출자일(2015. 6. 22.) 당시 시가가 불분명하다고 보아 구 법인세법 제52조 제2항, 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호에 따라 위 토지에 관하여 감정한 평가액(기준시점 2015. 7. 30., 2015. 8. 13.)을 산술 평가한 후 이를 시가로 산정하였다.

그러나 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 볼 때, 이 사건 출자 토지의 현물 출자일 당시 시가는 구 법인세법 시행령 제89조 제1항에 따른 거래실례가격으로 산정하여야 할 것인데, 이에 따르면 이 사건 현물출자 당시 이 사건 출자 토지에 관한 평가액이 과대평가 되었다고 볼 수는 없다고 판단된다.

가) 원고들은 이 사건 출자 토지 중 서귀포시 FF읍 GG리 1008 전 1,867㎡(이하 ‘분할 전 토지’라 한다)를 현물 출자할 당시(2015. 6. 22.) 그 출자가액을 1㎡당 605,249원(= 1,130,000,000원 ÷ 1,867㎡)2)으로 산정하였다.

나) 분할 전 토지는 2015. 10. 28. 같은 리 1008 전 1,041㎡3)와 1008-4 전 826㎡로 분할되었고(이하 통틀어 ‘분할 후 토지’라 한다), 원고 회사는 2015. 12. 18. 1008 전 1,041㎡를 양BB, 정CC에게 800,000,000원(1㎡당 768,491원)에 매도하였고, 2016.3. 6. 1008-4 전 826㎡를 김DD에게 730,000,000원(1㎡당 883,777원)에 매도하였다.

한편, 원고는 이 사건 현물 출자 후인 2015. 9. 16. 분할 전 토지 중 일부인 826㎡를 이EE에게 600,000,000원(1㎡당 726,392원)에 매도하였고, 그 매매계약에 따라 분할 전 토지를 위와 같이 분할하였는데, 그 후 이EE가 매매 잔금을 지급하지 아니하여 위 매매계약은 해제되었다.

다) 그런데, 분할 후 토지에 대한 매매는 이 사건 현물출자가 이루어진 때로부터 약 6개월 무렵 또는 8개월 후에 이루어졌는데, 분할 전 토지와 분할 후 토지는 면적과 모양만 분할되었을 뿐 위치, 지목, 이용 상황, 접근성, 인근 환경 등 토지의 가치를 결정하는 요소에 본질적인 차이가 발생하였다고 볼 만한 사정은 찾아볼 수 없고, 그밖에 현물출자 시점과 각 매도시점 사이에 위 토지의 가격 상승을 견인할 외부적 요인이 발생하였다고 볼 만한 자료도 없다.

라) 일반적으로 토지 분할이 가치 변동을 초래하는 경우는 분할로 인해 한 필지의 도로 접근성, 필지 형상이 우월해지고 다른 필지는 열위해져 단가 격차가 크게 벌어지는 경우이다. 그러나 분할 후 토지는 서로 단가 격차가 그리 크지 아니할 뿐만 아니라 두 필지 모두 1㎡당 단가가 분할 전 토지에 대한 출자 평가액 보다 높다.

마) 분할 후 토지에 관한 각 매매계약은 계약체결일, 거래상대방이 다른 별개의 계약에 해당할 뿐만 아니라 분할 전 토지의 일부 및 분할 후 토지의 각 매수인은 모두 원고들과 아무런 특수관계가 없는 제3자들로 보이고, 각 매매계약 모두 공인중개사의 중개로 정상적으로 체결된 것으로 가격 형성에 어떠한 통모나 인위적 개입이 이루어졌을 가능성은 희박한 것으로 보인다. 분할 전 토지의 분할 후 두 필지가 각기 다른 매수인에게 시차를 두고 매도되었으면서도 비슷한 수준으로 단가가 형성되었다는 것은 그 가격이 시장의 객관적 평가를 반영하고 있음을 충분히 뒷받침하는 것으로 볼 수 있다.

나. 소결

이 사건 현물출자 시 원고들이 산정한 이 사건 출자 토지 가액이 과대평가되었다고 인정할 수 없는 이상, 이 사건 통칙규정에 따라 원고 회사의 현물출자 토지 신고평가액 중 감정가액을 초과하는 654,848,500원을 익금으로 산입(△유보 추인)할 수 없는바, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 익금산입분 법인세 처분은 위법하다. 원고회사의 이 부분 주장은 이유 있다(원고 회사의 이 부분 주장을 받아들여 이 사건 익금산입분 법인세 처분의 위법성을 인정하는 이상, 원고 회사의 나머지 주장에 관하여는 더 나아가 판단하지 아니한다).』

○ 제1심판결 14쪽 마지막 행부터 17쪽 6행까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다.

『7. 이 사건 양도소득분 법인세 처분의 적법 여부

이 사건 현물출자 당시 이 사건 출자 토지에 관한 평가액이 과대평가되었다고 볼 수 없음은 앞서 본 바와 같다. 그런데 피고는 이 사건 현물출자 당시 분할 전 토지의 가액이 과대평가되었다고 보아 출자가액을 부인하고 그 출자(양도)가액을 경정한 후 경정된 출자(양도)가액을 양도소득세 산정의 기초로 삼아 이 사건 양도소득분 법인세 처분을 하였는바, 앞서 본 바와 같이 이 사건 현물출자 당시 이 사건 출자 토지에 관한 평가액이 과대평가 되었다고 볼 수 없는 이상, 위 평가액을 부인하고 경정된 출자(양도)가액을 기초로 한 이 사건 양도소득분 법인세 처분도 위법하다고 볼 수밖에 없다

(이 사건 양도소득분 법인세 처분의 위법성을 인정하는 이상, 원고 회사의 나머지 주장에 관하여는 더 나아가 판단하지 아니한다).』

2. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 원고 김YY의 청구 부분 및 원고 회사의 이 사건 징수 처분 취소청구 부분은 부적법하여 이를 각하하여야 하고, 원고 회사의 이 사건 법인세 처분에 관한 취소 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 제1심판결 중 원고 김YY의 청구에 관한 부분 및 이 사건 법인세 처분에 관한 부분을 취소하고, 이 사건 소 중 원고 김YY의 청구 부분을 각하하며, 위 법인세 처분을 취소하고, 원고 회사의 나머지 항소는 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.