소멸시효는 그 기산일에 소급하여 효력이 생긴다(제167조). 즉 소멸시효 완성으로 권리가 소멸하는 시기는 시효기간이 만료한 때이지만, 그 효과는 시효기간의 개시시로 소급하는 것이다. 따라서 소멸시효로 인하여 채무를 면하는 자는 기산일 이후에 발생한 이자를 지급할 필요는 없다.
다만 예외적으로 상계의 소급효에 비추어 시효로 소멸하는 채권이 그 소멸시효 완성 이전에 이미 상계할 수 있었던 것이라면 채권자는 시효완성 이후라도 상계할 수 있다(제495조).